当畜禽条例与水法在适用上出现冲突时，通常遵循“上位法优于下位法”、“特别法优于一般法”以及“新法优于旧法”的原则进行适用，具体分析如下：

1. 上位法优于下位法原则：

   • 法律解释：在法律体系中，上位法（如宪法、法律）的效力高于下位法（如行政法规、地方性法规）。若畜禽条例与水法在某一具体规定上产生冲突，且水法作为上位法有明确规定，则应优先适用水法的规定。
   • 应用场景：例如，若畜禽条例中关于畜禽养殖废水排放的规定与水法中关于水污染防治的规定相冲突，且水法的规定更为严格或具体，则应优先适用水法的规定。

2. 特别法优于一般法原则：

   • 法律解释：特别法是指针对特定事项或特定领域制定的法律，而一般法则是适用于广泛事项或领域的法律。当特别法与一般法在某一事项上产生冲突时，特别法的规定应优先适用。
   • 应用场景：若畜禽条例是专门针对畜禽养殖活动制定的特别法，而水法是一般性的水资源保护法律，当两者在畜禽养殖废水排放等具体事项上产生冲突时，应优先适用畜禽条例中针对该事项的特别规定（但需注意该特别规定不得违反上位法的原则性规定）。

3. 新法优于旧法原则：

   • 法律解释：当同一机关制定的两部或两部以上的法律在内容上出现冲突时，如果其中一部法律是在另一部法律之后制定的，或者两部法律同时制定但后公布实施的，那么后制定或后公布实施的法律应优先适用。
   • 应用场景：若畜禽条例和水法在某一事项上的规定存在冲突，且畜禽条例是后来制定或修订的，那么应优先适用畜禽条例中的规定（但同样需注意不得违反上位法的原则性规定）。

在处理畜禽条例与水法冲突时的具体建议：

• 详细审查法律条文：在处理具体案件或事务时，应详细审查畜禽条例和水法的相关条文，确定冲突的具体内容和范围。
• 咨询相关部门或专家：若对法律条文的解释或适用存在疑问，可以咨询相关部门（如水利部门、农业部门）或法律专家，以获取更准确的法律意见。
• 综合考虑多种因素：在适用法律时，除了考虑法律条文本身外，还应综合考虑案件的具体情况、社会公共利益、环境保护需求等多种因素，以做出更为合理和公正的决策。

若在实际操作中遇到难以解决的冲突或疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。