在处理畜禽养殖与水污染相关的问题时，我们主要需要参考的是《畜禽规模养殖污染防治条例》以及《中华人民共和国水污染防治法》这两部法律法规。

首先，《畜禽规模养殖污染防治条例》是专门针对畜禽养殖过程中产生的污染问题而制定的法规。它详细规定了畜禽养殖场应当如何科学处置畜禽粪便、尸体和污水等废弃物，以防止对环境造成污染。例如，条例中明确指出，未经无害化处理直接向环境排放畜禽养殖废弃物的，将由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期治理，并可能处以罚款。

其次，《中华人民共和国水污染防治法》则是更广泛地针对水污染问题而制定的法律。它适用于所有可能对水体造成污染的活动，包括畜禽养殖。在这部法律中，也有关于畜禽养殖废水排放的相关规定，要求养殖场必须确保废水达标排放，以防止对水体造成污染。

在实际应用中，如果畜禽养殖活动主要关注的是养殖过程中废弃物的处置以及其对环境的影响，那么《畜禽规模养殖污染防治条例》将是更直接、更具体的参考依据。而如果问题更侧重于水体污染的整体防治，包括畜禽养殖废水在内的各种污染源，那么《中华人民共和国水污染防治法》则提供了更全面的法律框架。

因此，在选择使用哪部法律时，我们需要根据具体问题的性质和背景来判断。如果问题主要涉及畜禽养殖废弃物的处置和环境污染防治，那么应优先参考《畜禽规模养殖污染防治条例》；如果问题更广泛地涉及水体污染的防治，那么应参考《中华人民共和国水污染防治法》。同时，在实际操作中，这两部法律往往是相互补充、共同作用的，我们需要综合考虑它们的规定和要求，以确保畜禽养殖活动的合法性和环保性。