当《公路法》与《自然保护区条例》发生冲突时，法律适用需遵循以下原则和步骤：

1. 上位法优于下位法原则
   若两部法律属于不同效力层级（如《公路法》为法律，《自然保护区条例》为行政法规），则直接适用效力更高的《公路法》。但需注意：

   • 若《自然保护区条例》是依据《环境保护法》等上位法制定，且冲突条款涉及环境保护核心内容，可能需结合上位法精神综合判断。
     
   • 实践中需通过立法目的、条款具体性等分析，例如《自然保护区条例》对生态保护的特殊规定可能优先于《公路法》的一般性条款。

2. 特别法优于一般法原则
   若两部法律效力层级相同，但调整对象存在包含关系（如公路建设与自然保护区保护），则优先适用针对特定领域的《自然保护区条例》。例如：

   • 在自然保护区内修建公路时，即使《公路法》允许建设，若《自然保护区条例》明确禁止或附加更严格条件（如环境影响评价、生态修复等），应以《自然保护区条例》为准。
     
   • 需注意“特别法”的认定需结合具体条款，例如《公路法》中关于“特殊路段建设”的条款可能被视为特别规定。

3. 新法优于旧法原则
   若两部法律对同一事项均有规定，但修订时间不同，优先适用新修订的法律。例如：

   • 若《自然保护区条例》在《公路法》之后修订，且新增了更严格的生态保护条款，则以新条例为准。
     
   • 需注意修订内容是否直接冲突，若仅为补充性规定（如《公路法》规定“建设需审批”，《条例》规定“审批需附生态报告”），则需同时适用。

4. 冲突解决机制与程序

   • 行政层面：由国务院或省级政府通过“法律冲突裁决”程序明确适用规则，或制定配套规章协调两法实施。
     
   • 司法层面：法院在审理具体案件时，若发现两法冲突，可层报最高人民法院提请立法机关解释，或直接依据《立法法》第95条处理。
     
   • 实践建议：在冲突未明确解决前，相关部门（如交通、环保部门）应联合制定实施细则，避免执法矛盾。

实务提示：

• 若您涉及具体项目（如在自然保护区内修建公路），建议提前委托律师进行“法律合规审查”，重点分析：
  
  1. 项目是否符合《自然保护区条例》的“核心区/缓冲区/实验区”分级管理要求；
     
  2. 是否履行《环境影响评价法》规定的程序；
     
  3. 是否符合《公路法》中关于“特殊路段建设”的例外条款。
     
• 法律冲突的解决往往需要结合具体案情和地方政策，如有疑问可直接向我咨询，我会结合最新判例和地方规定为您详细分析。