公司少发员工工资并留存的行为，通常是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司有义务按时足额支付员工工资，不得随意扣留或减少。如果公司少发工资并留存，这明显违反了上述法律规定，员工有权要求公司补发工资，并可能依法追究公司的法律责任。

实际操作与后果角度

1. 员工权益受损：少发工资直接影响了员工的经济利益，可能导致员工生活困难，甚至影响员工的家庭和社会关系。

2. 公司信誉受损：公司如果经常少发工资，会损害其在员工和公众中的信誉，可能导致员工流失，影响公司的正常运营和发展。

3. 法律责任：公司如果违反法律规定，少发工资并留存，可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。在严重情况下，公司还可能面临刑事责任。

应对措施与建议

1. 与公司协商：如果员工发现公司少发了工资，首先可以尝试与公司进行协商，要求公司补发工资。在协商过程中，员工可以保留好相关证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时提供证明。

2. 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动行政部门投诉。劳动行政部门会依法进行调查处理，并责令公司支付工资和赔偿金。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果公司仍然拒绝支付工资，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张。

举例说明：假设某员工每月工资为5000元，但公司只发放了4000元，并留存了1000元。这种情况下，员工可以首先与公司协商要求补发1000元工资。如果协商无果，员工可以向劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。

综上所述，公司少发员工工资并留存的行为是违法的。员工在遇到这种情况时，应该积极采取措施来维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。