结论：被指认三次贩毒但只承认一次的情况下，检察院不一定会起诉三次，具体是否起诉三次取决于证据的充分性和案件的具体情况。
分析说明：
证据的充分性：
- 在刑事案件中，检察院起诉的依据是证据。如果只有指认而没有其他证据（如毒品、交易记录、证人证言等）支持，那么检察院可能不会仅凭指认就起诉三次贩毒。
- 即使被告人承认了一次贩毒，但如果其他两次贩毒的证据不足，检察院也可能只就承认的那一次提起公诉。
案件的具体情况：
- 案件的具体情况，包括贩毒的次数、数量、方式、地点等，都会影响检察院的起诉决定。
- 如果检察院认为有足够的证据证明被告人确实进行了三次贩毒活动，那么即使被告人只承认了一次，检察院也可能起诉三次。
- 另一方面，如果检察院认为证据不足以支持三次贩毒的指控，或者认为其中某些指控存在疑问，那么可能会减少起诉的次数。
法律程序与原则：
- 检察院在提起公诉时，必须遵循“以事实为依据，以法律为准绳”的原则。这意味着检察院必须确保起诉的指控有充分的证据支持。
- 同时，检察院也享有起诉裁量权，即根据案件的具体情况和证据的充分性，决定是否提起公诉以及提起公诉的次数。
法律建议：
- 如果你或你认识的人面临这样的指控，建议尽快咨询专业律师，以便更全面地了解案件情况，制定合适的辩护策略。
- 在法律程序中，被告人有权保持沉默，不承认任何指控。但同时，被告人也应该积极配合律师的工作，提供有利于自己的证据和信息。
- 检察院的起诉决定并不是最终的判决结果。在法庭上，被告人仍然有机会进行辩护，争取无罪或减轻处罚。
可能后果：
- 如果检察院起诉三次贩毒，并且法院最终认定被告人有罪，那么被告人将面临相应的刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
- 如果检察院起诉的次数多于实际贩毒次数，或者证据不足导致某些指控不成立，那么被告人可能会在法庭上获得部分或全部无罪的判决。