结论：在申请仲裁确认房屋虚假买卖协议无效的同时，是可以申请确认以此办理的房产证无效的。但具体能否成功，需结合实际情况及证据材料，由仲裁机构或法院进行综合判断。

分析说明：

1. 虚假买卖协议与房产证的关系：

   • 房屋买卖协议是双方就房屋买卖事宜达成的合意，是办理房产证的基础依据之一。若买卖协议被认定为虚假，即双方并无真实的买卖意图，或存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议自始无效。
   • 房产证是房屋所有权的法律凭证，其办理通常依赖于有效的买卖协议。若买卖协议无效，那么基于该协议办理的房产证，其合法性也会受到质疑。

2. 申请仲裁确认协议无效与房产证无效的可行性：

   • 仲裁申请：当事人可以向仲裁机构申请确认房屋虚假买卖协议无效。仲裁机构将依据事实和法律，对协议的效力进行裁决。
   • 房产证无效的申请：在确认买卖协议无效的同时，当事人可以向相关部门（如房地产管理部门）申请撤销或变更基于该协议办理的房产证。若仲裁机构已裁决协议无效，这一裁决结果可以作为申请撤销或变更房产证的有力证据。
   • 综合判断：虽然理论上可以同时申请确认协议无效和房产证无效，但具体能否成功，还需结合实际情况及证据材料。仲裁机构或法院将综合考虑协议的真实性、合法性、双方当事人的行为及意图等因素，进行综合判断。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 证据收集：在申请仲裁或提起诉讼前，当事人应充分收集证据，证明买卖协议的虚假性，如双方无真实买卖意图的证据、欺诈或胁迫的证据等。
   • 法律程序：当事人应了解并遵循相关的法律程序，如仲裁申请的提交、证据的举证、质证等，以确保自身权益得到有效维护。
   • 专业咨询：由于涉及复杂的法律问题和程序，建议当事人在申请仲裁或提起诉讼前，咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

特殊场景：

• 若房屋买卖协议被认定为部分无效（如仅部分条款无效），那么基于该协议办理的房产证可能不会完全无效，而是可能需要进行部分变更或调整。
• 若房屋已涉及其他法律纠纷（如抵押、查封等），那么申请确认房产证无效可能会受到更多限制和挑战。

行动建议：

• 若您认为房屋买卖协议存在虚假情形，并希望确认协议无效及房产证无效，建议您尽快收集相关证据，并向仲裁机构或法院提起申请。
• 在申请过程中，务必遵循法律程序，确保自身权益得到有效维护。如有需要，可随时向我咨询相关法律问题。