不动产权证书上附记内容标注的二楼房屋面积，并不能直接等同于该房屋为合法建筑。要判断二楼房屋是否为合法建筑，需从以下几个角度进行详细分析：

1. 规划审批情况

• 合法建筑的前提：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，建筑物必须经过规划部门的审批，并取得建设工程规划许可证，方可视为合法建筑。因此，若二楼房屋的建设已经过规划部门的审批，并取得了相应的规划许可，那么该房屋在规划层面是合法的。
• 附记内容的效力：不动产权证书上的附记内容，虽然可以记录一些与房屋相关的特殊信息，但并不能直接证明房屋的合法性。附记内容若涉及房屋面积，通常是对房屋实际面积的一种记录或说明，但并不等同于规划审批的合法性证明。

2. 建设行为合规性

• 建设过程合规：除了规划审批外，房屋的建设过程也需符合相关法律法规的规定，如施工许可、质量安全监管等。若二楼房屋在建设过程中存在违规行为，如未取得施工许可擅自施工、违反建筑安全规范等，那么该房屋即使规划审批合法，也可能因建设行为违规而被认定为违法建筑。
• 附记与实际情况的一致性：若不动产权证书上的附记内容与二楼房屋的实际情况不符，如附记面积大于实际面积或存在其他虚假记录，那么该附记内容不仅不能证明房屋的合法性，反而可能成为认定房屋违法或存在纠纷的依据。

3. 产权登记与合法性确认

• 产权登记的作用：不动产权证书是房屋产权的法定证明文件，其登记内容具有法律效力。然而，产权登记本身并不直接确认房屋的合法性，而是对房屋产权归属和状态的记录。因此，即使二楼房屋在不动产权证书上有附记记录，也不能直接推断其合法性。
• 合法性确认途径：要确认二楼房屋的合法性，最直接的途径是查阅其规划审批文件、施工许可文件等相关资料，并核实其建设过程是否符合法律法规的规定。若无法提供这些证明文件或存在违规行为，则该房屋可能被认定为违法建筑。

4. 法律后果与风险提示

• 违法建筑的法律后果：若二楼房屋被认定为违法建筑，可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。同时，违法建筑在产权交易、抵押贷款等方面也可能受到限制或影响。
• 风险提示：对于购房者或产权人而言，在购买或持有房屋时，应仔细核查房屋的规划审批文件、产权证书等相关资料，确保房屋的合法性。若发现房屋存在违法建筑或产权纠纷等问题，应及时咨询专业律师并采取相应的法律措施。

总结与建议：不动产权证书上的附记内容标注的二楼房屋面积，并不能直接证明该房屋的合法性。要确认房屋的合法性，需从规划审批、建设行为合规性、产权登记与合法性确认等多个角度进行综合分析。若您对二楼房屋的合法性存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。