房产证上的专用建筑面积和附图的房屋建筑面积不同，并不一定都合法，这取决于两者差异的原因及是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、专用建筑面积与附图房屋建筑面积的定义及关系
- 专用建筑面积：通常指的是房屋产权人专有的建筑面积，即产权人独自使用的建筑面积，如套内面积等。这一数据是房产证上的重要信息，用于明确产权人的权益范围。
- 附图房屋建筑面积：附图是房产证上的附图，用于直观展示房屋的结构、布局和面积分布。附图上的房屋建筑面积应当与专用建筑面积相一致，以准确反映房屋的实际情况。
二、两者不同的可能原因及合法性分析
测量误差：
- 原因：在房屋测量过程中，由于测量工具、测量方法或测量人员的差异，可能导致专用建筑面积与附图房屋建筑面积存在微小差异。
- 合法性：若差异在合理范围内（如因测量精度限制导致的微小误差），且不影响房屋的整体结构和使用功能，通常视为合法。但超出合理范围的误差可能涉及测量不准确或欺诈行为，需进一步核查。
设计变更：
- 原因：在房屋建设过程中，可能因设计调整、施工变更等原因导致实际建筑面积与原设计图纸不符。
- 合法性：若设计变更已依法获得相关部门批准，并办理了相应的变更登记手续，则变更后的建筑面积（包括专用建筑面积和附图房屋建筑面积）视为合法。但未经批准擅自变更的，可能涉及违法建设行为。
登记错误：
- 原因：在房产证登记过程中，可能因工作人员疏忽或系统错误导致专用建筑面积与附图房屋建筑面积不一致。
- 合法性：登记错误显然不合法，产权人应及时向相关部门申请更正登记，以维护自身权益。
欺诈行为：
- 原因：极少数情况下，可能存在开发商或相关方为谋取不正当利益而故意虚报建筑面积的情况。
- 合法性：欺诈行为严重违法，不仅损害了产权人的利益，也破坏了市场秩序。产权人应依法维权，要求赔偿损失并追究相关责任人的法律责任。
三、法律建议
- 核查原因：若发现房产证上的专用建筑面积与附图房屋建筑面积不同，首先应核查差异的原因。可以通过查阅相关设计图纸、施工记录、变更登记手续等文件来确认。
- 申请更正：若差异因登记错误或测量误差导致，且影响产权人的权益，产权人应及时向相关部门申请更正登记或重新测量。
- 依法维权：若差异因设计变更未经批准或欺诈行为导致，产权人应依法维权，要求赔偿损失并追究相关责任人的法律责任。在此过程中，可以寻求专业律师的帮助，以确保维权行动的合法性和有效性。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。