企业被市场监管局立案调查期间，一般不可申请注销，特殊情况下需经调查部门同意并履行特定程序后方可注销，但实践中通常不建议在调查期间注销。以下是具体分析：
一、一般情况下的禁止性规定
根据《市场监督管理行政处罚程序规定》等相关法律法规，企业在被市场监管局立案调查期间，其主体资格和经营状态是调查的重要内容之一。如果企业在调查期间擅自注销，将导致调查对象灭失，无法继续进行调查和处罚，这显然与行政处罚的公正性和有效性相悖。因此，在一般情况下，企业被立案调查期间是不允许申请注销的。
二、特殊情况下的注销可能性
尽管存在上述一般性规定，但在某些特殊情况下，企业可能仍然有机会申请注销。这主要取决于调查的性质、企业的具体情况以及相关法律法规的具体规定。例如：
调查部门同意：如果企业能够证明其注销行为不会影响调查的进行和结果的公正性，且调查部门同意其注销申请，那么企业可能有机会在调查期间完成注销程序。但这种情况较为罕见，且需要企业提供充分的证据和理由。
特定程序履行：在某些情况下，企业可能需要先履行特定的程序或义务，如完成清算、缴纳罚款等，然后才能申请注销。这些程序或义务的具体内容取决于相关法律法规的规定和调查部门的要求。
三、实践中的建议
从实践角度来看，企业被市场监管局立案调查期间，通常不建议申请注销。原因如下：
注销可能阻碍调查：注销企业可能导致调查对象灭失，使得调查部门无法继续进行调查和处罚。这不仅可能损害公共利益，还可能使企业面临更严重的法律后果。
注销程序复杂：即使调查部门同意企业注销，注销程序也可能因调查的存在而变得复杂和耗时。企业需要准备更多的材料和证据来证明其注销行为的合法性和合理性。
潜在法律风险：如果企业在调查期间擅自注销，可能面临被认定为逃避调查、妨碍公务等违法行为的风险。这将导致企业面临更严重的法律处罚和声誉损失。
四、法律后果
如果企业违反相关规定，在调查期间擅自注销，可能面临以下法律后果：
行政处罚：市场监管部门可能对企业进行行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
刑事责任：如果企业的行为构成犯罪，如逃避调查、妨碍公务等，还可能面临刑事责任的追究。
信用惩戒：企业的违法行为还可能被记入信用记录，影响企业的信誉和未来的经营活动。
因此，建议企业在被市场监管局立案调查期间，积极配合调查工作，履行相关义务和责任，等待调查结束后再根据具体情况决定是否申请注销。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。