职务侵占的资金应当上交至司法机关，具体来说是公安机关或检察机关，最终会由法院进行判决处理。以下是对这一问题的详细分析：
职务侵占资金的处理流程
发现与报案：
- 当公司、企业或其他单位发现员工存在职务侵占行为时，应立即向公安机关报案。报案时，应提供详细的证据材料，包括侵占的资金数额、时间、方式等，以便公安机关能够迅速展开调查。
公安机关调查：
- 公安机关在接到报案后，会依法进行调查取证。这包括询问相关人员、查阅账目、封存涉案财物等。调查过程中，公安机关会力求全面、客观地收集证据，以查明事实真相。
检察机关审查起诉：
- 如果公安机关认为有犯罪事实需要追究刑事责任，会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关在审查过程中，会对公安机关收集的证据进行复核，并可能要求补充侦查。如果检察机关认为证据确实、充分，会依法向法院提起公诉。
法院审理与判决：
- 法院在受理案件后，会依法进行审理。审理过程中，法院会听取控辩双方的意见，审查证据，并最终作出判决。如果被告人被认定构成职务侵占罪，法院会判决其退赔侵占的资金，并可能判处刑罚。
职务侵占资金的退赔与上交
- 退赔义务：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪的被告人有退赔侵占资金的义务。这意味着，如果被告人被判决构成职务侵占罪，其必须退赔所侵占的资金。
- 上交司法机关：在退赔过程中，被告人或其家属应将侵占的资金上交至司法机关，如公安机关、检察机关或法院。司法机关会依法处理这些资金，包括返还给被害单位或个人，或上缴国库。
注意事项
- 及时报案：公司、企业或其他单位在发现职务侵占行为后，应尽快向公安机关报案，以便及时挽回损失并追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
- 配合调查：在公安机关调查过程中，相关单位和个人应积极配合，提供必要的证据材料和信息，以便公安机关能够迅速查明事实真相。
- 法律程序：职务侵占案件的处理需要遵循严格的法律程序。从报案、调查、审查起诉到审理判决，每个环节都需要依法进行，以确保案件的公正处理。
如果您或您所在的公司、企业遇到职务侵占问题，或有任何法律疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。