职务侵占案件中，退还的钱款通常应回归被侵占单位，具体处理方式需结合案件阶段和司法程序确定。以下从不同阶段和角度为您详细说明：

一、案件未进入司法程序：直接退还被害单位

若职务侵占行为尚未被司法机关立案，犯罪嫌疑人可主动将侵占款项退还给被害单位（如公司、企业等）。此时，钱款直接回归合法所有者，流程相对简单。例如，某公司财务人员小朱侵占100万元后，在事情败露但未进入司法程序前，主动将款项退还公司，则钱款直接回到公司账户。

二、案件进入司法程序：钱款按阶段处理

若案件已进入刑事诉讼程序，退还的钱款需按司法程序处理，具体分为以下阶段：

1. 侦查阶段：由侦查机关暂扣

在侦查阶段，犯罪嫌疑人主动退赃的，钱款会由侦查机关（如公安局）暂扣。侦查机关会出具扣押清单等法律文书，确保钱款的安全和合法性。此时，钱款虽未直接退还被害单位，但已处于司法机关的控制之下，为后续处理奠定基础。

2. 审查起诉阶段：通过检察机关处理

案件进入审查起诉阶段后，若犯罪嫌疑人继续退赃，钱款会通过检察机关处理。检察机关会审查钱款的来源、性质等，确保其与案件相关且合法。此时，钱款可能仍由检察机关暂存，或根据案件需要移交法院。

3. 审判阶段：法院依法处置

在审判阶段，法院会在判决中明确责令被告人退赔。若被告人此前已退赃，法院会依法处置钱款，确保其返还给被害单位，弥补受侵害方的经济损失。例如，小朱案件中，若法院判决其退赔100万元，则这笔钱款会通过法院程序回到公司账户。

三、特殊情况处理

1. 多个受损主体：按比例退还

若职务侵占行为导致多个主体受损（如公司及其股东），退还的钱款可能需按一定比例分配。此时，需结合各受损主体的实际损失、侵占行为与损失的因果关系等因素，确定退还比例和方式。

2. 间接损失补偿：视情况而定

若公司因职务侵占行为遭受了间接损失（如业务机会丧失、声誉损害等），犯罪人退还的款项在弥补直接损失后，如有剩余，可能需用于补偿间接损失。但具体是否补偿及补偿范围，需根据案件实际情况和法律规定确定。

四、法律建议

1. 积极退赃，争取从轻处罚

对于犯罪嫌疑人而言，积极退赃是量刑时的从轻情节。无论案件处于哪个阶段，主动退还侵占款项都有助于争取从轻处罚。因此，建议犯罪嫌疑人在条件允许的情况下，尽快退还钱款。

2. 保留证据，确保权益

对于被害单位而言，应妥善保留与职务侵占行为相关的证据（如财务报表、合同、转账记录等）。这些证据在后续司法程序中至关重要，有助于证明侵占事实及损失金额，确保钱款能够顺利返还。

3. 咨询专业律师，全程跟进

职务侵占案件涉及复杂的法律程序和实体问题，建议被害单位和犯罪嫌疑人均咨询专业律师，全程跟进案件处理。律师可以提供专业的法律意见和指导，确保案件处理合法、公正、高效。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。我将结合您的实际情况，提供更详细、更专业的法律建议。