针对您提出的“职务侵占混淆资金怎么处理”的问题，我将从法律程序、资金追缴与退赔、以及司法原则等几个方面为您详细解答。

一、法律程序概述

当发现职务侵占行为后，首先会进入法律程序。公安机关会依法立案，并开展侦查工作。这一过程中，警方会全力追缴涉案资金，以尽可能减少被害单位的损失。侦查结束后，案件会移送至检察院审查起诉，最终进入法院审判阶段。

二、资金追缴与退赔

1. 侦查阶段：

   • 公安机关在侦查过程中，会对涉案资金进行查封、扣押、冻结。
   • 经查明属于被害人合法财产的，公安机关会及时返还给被害单位。

2. 审判阶段：

   • 法院在判决时，会对追缴或责令退赔作出裁判。
   • 犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔。
   • 如果资金已被挥霍或毁坏，法院会责令犯罪分子按财物价值退赔给被害人。

3. 退赔方式：

   • 犯罪分子主动退赃退赔的，法院在量刑时会将此作为从轻处罚的考量因素。
   • 若犯罪分子拒绝退赔，被害单位可在刑事诉讼中，通过附带民事诉讼的方式要求其返还资金。
   • 刑事判决生效后，被害单位还能申请强制执行程序，由法院强制犯罪分子退赔。

三、司法原则与处理细节

1. 保护被害人权益：

   • 司法机关在处理职务侵占案件时，会优先考虑保护被害单位的合法权益，确保被侵占的资金能够得到最大程度的挽回。

2. 惩罚犯罪：

   • 法院会根据犯罪事实和具体情节，对犯罪分子判处相应刑罚，以维护法律的公正和权威。

3. 处理剩余资金：

   • 若有剩余资金在执行完退赔、罚金等判决后，会按规定程序处理，确保资金的合法性和合规性。

四、具体案例分析

以您提到的案例为例，小朱作为公司财务人员，利用职务之便侵占了公司50万元资金。公司发现后报警，公安机关立案侦查并成功追缴部分资金。案件进入审判阶段后，小朱主动退还了部分侵占资金，但仍有20万元未退还。此时，公司可以通过附带民事诉讼和强制执行程序要求小朱返还剩余资金。法院在判决时，也会根据小朱的犯罪事实和退赔情况，对其判处相应刑罚。

五、建议与总结

1. 及时报警：

   • 一旦发现职务侵占行为，被害单位应立即报警，以便公安机关及时立案侦查。

2. 配合调查：

   • 被害单位应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和资料。

3. 依法维权：

   • 在刑事诉讼过程中，被害单位应依法行使自己的权利，通过附带民事诉讼和强制执行程序等途径，最大程度地挽回损失。

综上所述，职务侵占混淆资金的处理是一个涉及多个法律程序和司法原则的复杂过程。通过公安机关的侦查、法院的审判以及被害单位的依法维权，可以最大程度地挽回损失并惩罚犯罪。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。