结论：公司将保密专员设定为重要涉密人员，这一做法本身并不直接违反法律规定，但具体是否合规需结合公司实际情况、保密专员的职责范围以及公司保密制度的具体内容来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、法律法规层面

1. 保密法律框架：我国关于保密的法律体系主要包括《中华人民共和国保守国家秘密法》及其实施条例，以及针对特定行业或领域的保密规定。这些法律法规主要规范了国家秘密的定义、保密制度、保密责任等，但并未直接规定公司内部保密专员的级别或称谓。

2. 公司自主管理权：在法律法规的框架内，公司有权根据自身业务特点和保密需求，制定内部的保密管理制度，包括设定不同级别的涉密人员、明确其职责和权限等。因此，公司将保密专员设定为重要涉密人员，从法律法规层面看，并不直接违反规定。

二、公司实际情况与保密制度

1. 保密专员的职责：保密专员的职责通常包括制定和执行保密制度、监督保密措施的实施、处理保密事件等。如果保密专员的职责范围广泛，涉及公司核心机密或敏感信息的处理，那么将其设定为重要涉密人员是合理的。

2. 公司保密制度的具体内容：公司保密制度应明确涉密人员的分类、级别、职责、权限以及保密措施等。如果公司保密制度中明确规定了保密专员属于重要涉密人员，并为其设定了相应的保密义务和责任，那么这一做法就是合规的。

三、合规性判断与建议

1. 合规性判断：要判断公司将保密专员设定为重要涉密人员是否合规，需要审查公司的保密制度、保密专员的职责范围以及公司业务特点等因素。如果这些因素都符合法律法规的要求，且公司保密制度得到了有效执行，那么这一做法就是合规的。

2. 建议：

   • 完善保密制度：公司应制定完善的保密制度，明确涉密人员的分类、级别、职责、权限以及保密措施等，确保保密工作的有序进行。
   • 加强培训与教育：对保密专员等涉密人员进行定期的保密培训和教育，提高其保密意识和技能水平，确保保密工作的有效实施。
   • 定期审查与更新：公司应定期对保密制度进行审查和更新，以适应业务发展和法律法规的变化，确保保密工作的持续合规性。

总结：公司将保密专员设定为重要涉密人员，这一做法本身并不直接违反法律规定，但具体是否合规需结合公司实际情况、保密专员的职责范围以及公司保密制度的具体内容来综合判断。如果您对公司保密制度或涉密人员管理有进一步的问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。