结论：有证据证明“小三”怀孕是别人的，这一证据在离婚纠纷中可能对证明配偶与“小三”的不正当关系有一定作用，但具体影响需结合证据类型、证据效力及案件具体情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、证据类型与效力
直接证据：
- 如果证据是直接的、明确的，如DNA鉴定报告显示“小三”所怀孩子与你的配偶无血缘关系，且该鉴定报告合法有效，那么这份证据将具有很强的证明力，能够直接证明“小三”怀孕并非由你的配偶所致，从而间接证明配偶与“小三”之间可能不存在性关系或生育意愿上的不正当关系。
间接证据：
- 如果证据是间接的，如聊天记录、证人证言等，这些证据需要形成完整的证据链，才能对案件事实产生证明作用。例如，聊天记录中“小三”明确表示孩子是别人的，或者证人证明“小三”在怀孕期间与其他男性有亲密关系等。这些间接证据虽然不如直接证据有力，但在结合其他证据的情况下，也可能对案件产生重要影响。
二、证据在离婚纠纷中的作用
证明不正当关系：
- 在离婚纠纷中，如果配偶与“小三”存在不正当关系，这通常是导致夫妻感情破裂的重要原因之一。有证据证明“小三”怀孕是别人的，虽然不能直接证明配偶与“小三”之间没有发生过性关系，但可以在一定程度上削弱配偶关于与“小三”关系不深的辩解，从而有助于证明配偶存在过错。
影响财产分割与子女抚养：
- 根据《民法典》的相关规定，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。如果配偶存在过错，如与“小三”有不正当关系，那么无过错方在财产分割时可能会得到更多的照顾。同时，在子女抚养方面，如果配偶的行为对子女成长不利，无过错方也可能在争取子女抚养权方面占据优势。然而，“小三”怀孕是别人的这一事实，并不直接决定财产分割和子女抚养的归属，而是作为判断配偶是否存在过错的一个参考因素。
三、实际操作建议
收集并保存证据：
- 如果你已经掌握了相关证据，务必妥善保存，并确保证据的合法性和有效性。如果证据是电子数据，如聊天记录、邮件等，建议进行公证或采取其他方式固定证据。
咨询专业律师：
- 离婚纠纷涉及复杂的法律问题和情感纠葛，建议你在处理此类问题时咨询专业律师。我可以根据你的具体情况，为你提供针对性的法律建议和策略，帮助你更好地维护自己的合法权益。
理性处理纠纷：
- 离婚纠纷往往伴随着强烈的情绪波动，但理性处理纠纷是解决问题的关键。建议你保持冷静，通过合法途径解决纠纷，避免采取过激行为或言语攻击等不利于问题解决的方式。
如果你有任何关于离婚纠纷的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。