结论：仅根据您目前提供的信息，无法直接判断是拖欠还是克扣工资，但可以明确的是，公司这种行为可能涉及违法，具体是拖欠还是克扣，需要进一步分析实际情况。以下是从不同角度的详细分析：
一、拖欠与克扣工资的定义及区别
拖欠工资：通常指的是用人单位无正当理由超过规定付薪时间未支付劳动者工资的行为。这可能是由于公司资金周转问题、管理疏忽或其他非恶意原因导致的。
克扣工资：则是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资的行为。这通常涉及公司以各种理由（如罚款、赔偿等）减少劳动者的实际工资收入。
二、对您情况的具体分析
合同约定与实际发放不符：
- 您的劳动合同中明确约定了基础工资为5000元，但每月工资条上显示的基础工资却为3000元。这种差异可能表明公司存在克扣工资的行为，即未按照合同约定支付全额工资。
可能的原因及分析：
- 公司调整工资结构：如果公司未经您同意，单方面调整了工资结构，将部分基础工资转化为其他形式的收入（如奖金、津贴等），且这些收入并非固定或稳定发放，那么这种行为可能构成克扣工资。
- 公司错误或故意少发：如果公司由于管理疏忽或故意行为，导致您实际收到的工资少于合同约定，那么这种行为同样可能构成克扣工资。
- 存在其他扣除项：如果公司从您的工资中扣除了某些费用（如社保、公积金、个人所得税等），但这些扣除并未在工资条上明确说明，或者扣除的金额超过了法定标准，那么也可能导致您实际收到的工资减少。不过，这种情况更倾向于被视为工资计算或扣除的透明度问题，而非直接的克扣工资。但若扣除后工资低于最低工资标准或合同约定，则可能涉及违法。
三、建议采取的行动
与公司沟通：
- 首先，建议您与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，了解工资差异的具体原因。要求公司提供详细的工资计算方式和扣除项说明。
收集证据：
- 在沟通过程中，注意收集相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水等。这些证据将有助于您在后续维权过程中证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果与公司沟通无果，或者您认为公司的行为已经构成了拖欠或克扣工资，那么您可以考虑寻求法律援助。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权要求用人单位按时足额支付劳动报酬。如果用人单位存在拖欠或克扣工资的行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
四、可能的法律后果
如果公司被认定为拖欠工资：
- 公司可能需要支付拖欠的工资及相应的经济补偿金。同时，还可能面临劳动监察部门的处罚。
如果公司被认定为克扣工资：
- 公司同样需要支付克扣的工资及相应的经济补偿金。此外，如果克扣行为情节严重，公司还可能面临更严厉的法律制裁。
最后，我建议您根据实际情况采取相应的行动，以维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。