结论：行政机关处罚90天期限内，若符合法定条件，检察院可以提起行政公益诉讼。以下从多个角度进行分析：
一、行政公益诉讼的提起条件
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十五条第四款的规定，人民检察院在履行职责中发现生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域负有监督管理职责的行政机关违法行使职权或者不作为，致使国家利益或者社会公共利益受到侵害的，应当向行政机关提出检察建议，督促其依法履行职责。行政机关应当在收到检察建议书之日起两个月内依法履行职责，并书面回复人民检察院。出现国家利益或者社会公共利益损害继续扩大等紧急情形的，行政机关应当在十五日内书面回复。行政机关不依法履行职责的，人民检察院依法向人民法院提起诉讼。
关键点分析：
领域范围：行政公益诉讼主要适用于生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域。若行政机关的处罚行为涉及这些领域，且存在违法行使职权或不作为的情形，检察院则有权提起行政公益诉讼。
违法情形：行政机关必须存在违法行使职权或者不作为的行为，且这种行为已经或可能致使国家利益或者社会公共利益受到侵害。
前置程序：检察院在提起行政公益诉讼前，应当先向行政机关提出检察建议，督促其依法履行职责。行政机关在收到检察建议书后，有法定的回复期限（一般为两个月，紧急情况下为十五日）。
二、行政机关处罚90天期限与行政公益诉讼的关系
处罚期限的独立性：行政机关对违法行为进行处罚的期限（如90天）是行政机关内部处理案件的时间限制，它并不直接影响检察院提起行政公益诉讼的资格或条件。只要行政机关的处罚行为（或未处罚行为）符合行政公益诉讼的提起条件，检察院就可以在处罚期限内或期限届满后提起诉讼。
诉讼时效的考虑：虽然处罚期限本身不直接影响行政公益诉讼的提起，但检察院在提起诉讼时仍需考虑诉讼时效的问题。根据相关法律规定，检察院提起行政公益诉讼的时效通常与其发现行政机关违法行使职权或不作为的时间有关，而非与行政机关的处罚期限直接相关。然而，在实际操作中，检察院应尽可能在发现违法行为后及时采取行动，以避免因时效问题而丧失提起诉讼的权利。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：检察院在提起行政公益诉讼前，应充分收集证据，证明行政机关存在违法行使职权或不作为的行为，以及这种行为已经或可能致使国家利益或者社会公共利益受到侵害。
检察建议的针对性：检察院提出的检察建议应具体、明确，针对行政机关的违法行为或不作为行为提出具体的整改要求和建议。
诉讼策略的制定：在提起行政公益诉讼前，检察院应制定详细的诉讼策略，包括诉讼目标、诉讼理由、证据展示方式等，以确保诉讼的顺利进行和胜诉的可能性。
总结与建议：行政机关处罚90天期限内，若行政机关的处罚行为（或未处罚行为）符合行政公益诉讼的提起条件，检察院可以依法提起行政公益诉讼。在实际操作中，检察院应充分收集证据、提出针对性的检察建议，并制定详细的诉讼策略。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。