员工非法持股的处理需根据具体违法情形及后果，结合公司章程、劳动法及证券法等规定综合判断，核心处理方向包括内部纠正、行政处罚、民事赔偿及刑事追责。以下分情况说明：

1. 若员工非法持股行为违反公司章程或内部规定

• 处理方式：公司可依据章程或内部制度（如《员工持股管理办法》）要求员工限期转让股份、退还违规所得，或直接解除劳动合同（若章程明确禁止员工持股且员工故意违反）。
• 法律依据：根据《劳动合同法》第39条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除合同；若章程未明确禁止，需结合持股行为是否损害公司利益（如利用职务便利低价购股）综合判断。

2. 若员工非法持股涉及证券市场违规（如内幕交易、短线交易）

• 处理方式：
  • 行政处罚：证监会可依据《证券法》对员工处以罚款（如内幕交易罚款1-10倍违法所得）、市场禁入等措施；
  • 民事赔偿：公司或其他股东可依据《公司法》第20条要求员工赔偿因违规持股造成的损失（如股价异常波动导致的损失）；
  • 刑事追责：若行为构成犯罪（如内幕交易罪、操纵证券市场罪），依法追究刑事责任。
• 典型案例：某上市公司高管利用未公开信息低价购入公司股票，后被证监会罚款并移送司法机关。

3. 若员工非法持股涉及国有资产或公务员违规持股

• 处理方式：
  • 国有资产领域：依据《企业国有资产法》第72条，员工违规持有国有参股企业股份的，需限期清退，并可能面临行政处分；
  • 公务员领域：依据《公务员法》第59条，公务员不得从事或参与营利性活动，违规持股需清退并受纪律处分（如警告、记过甚至开除）。

4. 若员工非法持股行为未造成实际损失但违反诚信原则

• 处理方式：公司可通过内部通报批评、调整岗位或降薪等方式处理，同时完善持股合规制度（如要求员工签署《持股合规承诺书》）。
• 风险提示：即使未造成损失，若员工持股行为涉及利益输送（如为关联方代持），仍可能面临行政调查或民事诉讼。

建议行动步骤：

1. 立即核查员工持股的合法性（如是否通过合规程序取得、是否符合持股比例限制）；
   
2. 区分行为性质（内部违规/证券违规/国有资产违规），针对性采取纠正措施；
   
3. 保留证据（如持股协议、交易记录、公司章程），必要时委托律师介入处理。
   

如有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。