公司限制员工少上班并扣钱是否合法，需分情况讨论：
若公司因生产经营需要调整工时，且符合法定程序与条件：
- 根据《劳动法》及相关规定，公司因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间（即加班），但需支付加班费。若公司是合法调整工时安排（如因季节性原因、订单变化等），并提前与员工协商一致，且未低于当地最低工资标准支付工资，同时未违反劳动合同中关于工作时间和工资的约定，那么公司限制员工少上班（在合理范围内）并相应调整工资（如按实际出勤天数计算）可能是合法的。但这里的关键是“协商一致”和“合理调整”，若公司单方面强制调整且未与员工协商，则可能构成违法。
若公司无正当理由限制员工上班并扣钱：
- 若公司无正当理由（如非因生产经营需要、未与员工协商等）限制员工上班，并擅自扣除员工工资，这很可能构成违法。根据《劳动法》和《劳动合同法》，公司应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若公司无正当理由扣减工资，员工有权要求公司补发工资，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
特殊情况下的工资支付：
- 在某些特殊情况下，如员工因个人原因（如请假、旷工等）导致出勤天数减少，公司按照规章制度或劳动合同约定扣除相应工资是合法的。但这里的扣除需有明确的规章制度或劳动合同依据，且扣除的金额需合理，不得违反法律法规的强制性规定。
法律建议：
- 对于员工而言，若遇到公司无正当理由限制上班并扣钱的情况，应首先与公司协商解决；若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，若需调整工时安排或扣除员工工资，应确保符合法律法规的规定，并与员工充分协商一致，避免引发劳动纠纷。
可能后果：
- 若公司违法限制员工上班并扣钱，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等；同时，员工有权要求公司补发工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
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