结论：在施工人请求判决全部工程款的情况下，法院通常不会主动扣除质保金，但具体是否扣除需根据合同约定、质保期是否届满以及工程是否存在质量问题等因素综合判断。
一、法院主动扣除质保金的一般原则
在建设工程合同纠纷中，质保金作为工程款的一部分，其支付和扣除通常受到合同条款的严格约束。法院在审理此类案件时，一般会遵循合同约定，尊重当事人的意思自治。如果合同中明确约定了质保金的支付条件、期限以及扣除情形，且这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么法院在判决时通常会依据合同约定来处理质保金问题。
二、质保金扣除的具体情形
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了质保金的扣除条件，如工程在质保期内出现质量问题，且施工人未按照约定进行修复或赔偿，那么发包人有权按照合同约定扣除相应金额的质保金。在此情况下，如果施工人请求判决全部工程款，而发包人提出反诉或抗辩要求扣除质保金，且能够提供充分证据证明其主张，那么法院可能会判决扣除相应金额的质保金。
质保期已届满且无质量问题：
- 如果质保期已经届满，且工程在质保期内未出现质量问题，或者施工人已经按照约定对出现的问题进行了修复或赔偿，那么发包人无权再扣除质保金。在此情况下，施工人请求判决全部工程款（包括质保金部分）的，法院通常会予以支持。
合同未明确约定或约定不明：
- 如果合同中未明确约定质保金的扣除条件或约定不明，那么法院在处理此类纠纷时可能会更加谨慎。在此情况下，法院可能会根据《民法典》等相关法律法规的规定，结合案件具体情况，综合判断是否应扣除质保金以及扣除的金额。但一般情况下，法院不会主动扣除质保金，而是会倾向于保护施工人的合法权益。
三、法院主动干预的例外情况
虽然法院在处理建设工程合同纠纷时通常会尊重合同约定和当事人的意思自治，但在某些特殊情况下，法院也可能会主动干预质保金的扣除问题。例如：
- 施工人存在严重违约行为：如果施工人在合同履行过程中存在严重违约行为，如未按照约定完成工程、工程质量严重不合格等，且这些行为给发包人造成了重大损失，那么法院可能会根据发包人的请求和提供的证据，判决扣除相应金额的质保金以弥补发包人的损失。
- 涉及公共利益或社会稳定：在某些涉及公共利益或社会稳定的特殊案件中，法院可能会根据案件的具体情况和需要，对质保金的扣除问题作出特殊处理。但这种情况较为罕见，且需要严格的法律程序和证据支持。
四、法律建议
对于施工人而言，在请求判决全部工程款时，应充分了解合同中关于质保金的约定，并确保自己已经按照约定履行了相关义务。如果发包人提出扣除质保金的请求，施工人应积极应对，提供充分证据证明自己已经履行了相关义务或不存在违约行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。