建筑企业签订的垃圾清运费分包合同，在符合一定条件下是可以分包扣除的，但需严格遵循相关法律法规及合同约定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律层面分析
分包合法性：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，但除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。垃圾清运费分包若属于工程承包范围内的部分工作，且符合分包条件（如分包单位具备相应资质、分包内容非主体工程等），则分包行为本身是合法的。
费用扣除合法性：
- 分包费用的扣除需基于合法有效的分包合同，且该费用应合理、实际发生，并与主合同（即建筑企业与建设单位签订的合同）中的相关条款相一致。若分包合同明确约定了垃圾清运费的支付方式、金额及扣除条件，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，则建筑企业有权按照合同约定扣除相应费用。
二、合同层面分析
主合同约定：
- 建筑企业与建设单位签订的主合同中，应明确约定工程分包的相关条款，包括分包的范围、条件、程序以及费用处理等。若主合同中允许或未禁止垃圾清运费的分包及扣除，且分包行为符合主合同的其他要求，则建筑企业可以依据主合同进行分包并扣除相应费用。
分包合同约定：
- 建筑企业与分包单位签订的分包合同中，应详细约定垃圾清运费的支付方式、金额、支付时间以及扣除条件等。分包合同是建筑企业与分包单位之间权利义务的依据，双方应严格按照合同约定履行各自义务。若分包合同中明确约定了费用扣除的条件和方式，且这些条件已成就，则建筑企业有权扣除相应费用。
三、实际操作建议
审查资质与合同：
- 建筑企业在选择分包单位时，应严格审查其资质和信誉，确保分包单位具备承担垃圾清运工作的能力和条件。同时，应签订详细、明确的分包合同，明确双方的权利义务和费用处理方式。
遵循法律法规与合同约定：
- 建筑企业在分包和扣除费用过程中，应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保分包行为的合法性和费用扣除的合理性。避免因违法分包或不当扣除费用而引发纠纷或法律责任。
保留证据与记录：
- 建筑企业应妥善保留与分包单位签订的分包合同、支付凭证、验收记录等相关证据和记录，以备在发生纠纷时作为证明自己主张的依据。
总结来说，建筑企业签订的垃圾清运费分包合同在符合法律法规和合同约定的情况下是可以分包扣除的。但建筑企业应谨慎选择分包单位、签订详细合同、遵循法律法规与合同约定，并保留好相关证据和记录。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。