公司虚开发票未移交，根据不同情形，处理方式有所不同，具体如下：

1. 若公司虚开发票行为尚未被税务机关或司法机关发现

   • 立即停止虚开发票行为：公司应立即停止一切虚开发票的违法活动，避免违法行为的持续和扩大，减少可能面临的法律风险和损失。
   • 内部自查自纠：公司应组织财务、法务等相关部门对虚开发票的情况进行全面自查，梳理虚开发票的具体情况，包括虚开的金额、涉及的交易、相关责任人员等，并制定整改措施，如补缴税款、调整账务等。
   • 主动向税务机关报告：在自查自纠的基础上，公司应主动向当地税务机关报告虚开发票的情况，如实说明虚开发票的原因、经过和整改措施等，争取税务机关的从轻处理。根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，纳税人主动纠正税收违法行为，配合税务机关调查处理的，税务机关可以依法从轻或者减轻处罚。

2. 若公司虚开发票行为已被税务机关或司法机关发现并立案调查

   • 积极配合调查：公司应积极配合税务机关或司法机关的调查工作，如实提供相关资料和证据，不得隐瞒、谎报或拒不配合。否则，可能会面临更严厉的法律制裁。
   • 承担相应法律责任：根据虚开发票的情节严重程度，公司及相关责任人员可能会面临行政处罚或刑事处罚。行政处罚主要包括罚款、没收违法所得等；刑事处罚则可能涉及虚开增值税专用发票罪等，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
   • 寻求法律救济：如果公司认为税务机关或司法机关的处理决定存在错误或不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身的合法权益。

建议：公司在日常经营中应严格遵守税收法律法规，建立健全的财务管理制度，加强对发票的管理和审核，避免虚开发票等违法行为的发生。如果公司面临虚开发票的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律解答和帮助。