对于同时违反《政府采购法》第七十一条第二项和第三项的情形，行政机关通常会根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素，进行综合考量后作出一个处罚决定，而非分别处罚。但具体是否合并处罚或分别处罚，还需依据具体案情和行政机关的裁量权来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律条款解读
《政府采购法》第七十一条规定了供应商在政府采购活动中的多种违法行为及其相应的法律责任。其中，第二项和第三项分别涉及“以不合理的条件对供应商实行差别待遇或者歧视待遇”和“与供应商或者采购代理机构恶意串通”的行为。这些行为均违反了政府采购的公平、公正和诚实信用原则，损害了其他供应商的合法权益，破坏了政府采购市场的正常秩序。
二、行政处罚的原则
在行政处罚领域，行政机关在作出处罚决定时，通常会遵循以下原则：
- 一事不再罚原则：即对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。但这一原则并不排除行政机关根据违法行为的性质、情节等因素，对同一违法行为作出其他类型的行政处罚，或者在同一处罚决定中包含多种处罚措施。
- 综合考量原则：行政机关在作出处罚决定时，会综合考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度以及当事人的主观过错等因素，以确定适当的处罚种类和幅度。
三、具体案例分析
在实际操作中，对于同时违反《政府采购法》第七十一条第二项和第三项的情形，行政机关可能会根据具体情况作出如下处理：
- 合并处罚：如果两个违法行为在性质上相近、情节上相当，且社会危害程度相似，行政机关可能会将两个违法行为视为一个整体，根据违法行为的总体情况作出一个处罚决定。这个处罚决定可能包含罚款、没收违法所得、责令改正等多种处罚措施。
- 分别处罚但合并执行：在某些情况下，行政机关也可能认为两个违法行为虽然相关但性质不同，需要分别进行处罚。然而，为了体现行政处罚的效率和公正性，行政机关可能会将两个处罚决定合并执行，即在一个执行程序中同时执行两个处罚决定。
- 根据裁量权灵活处理：行政机关在作出处罚决定时还享有一定的裁量权。这意味着行政机关可以根据具体案情和当事人的实际情况，灵活选择处罚种类和幅度。因此，在实际操作中，对于同时违反《政府采购法》第七十一条第二项和第三项的情形，行政机关的处理方式可能会有所不同。
四、建议与注意事项
- 及时咨询专业律师：如果您或您的企业涉及此类违法行为，建议及时咨询专业律师以了解具体的法律责任和可能的处罚措施。
- 积极配合行政机关的调查和处理：在行政机关进行调查和处理时，应积极配合并提供相关证据和信息，以便行政机关能够全面、准确地了解案情并作出公正的处罚决定。
- 加强内部管理：为了避免类似违法行为的再次发生，建议企业加强内部管理，完善相关制度和流程，确保政府采购活动的合法性和合规性。
如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。