支付令异议申请书和管辖权异议申请书在法律性质、提出时间、提出主体、提出理由及法律后果等方面均存在显著区别。以下是对这两者的详细比较：

1. 法律性质与目的：

   • 支付令异议申请书：这是债务人针对债权人申请的支付令提出的书面异议。其目的在于阻止支付令的生效，从而避免债务被强制执行。支付令是债权人依据《民事诉讼法》的规定，向有管辖权的基层人民法院申请的，要求债务人给付金钱或有价证券的法律文书。
   • 管辖权异议申请书：这是当事人（通常是被告）针对法院对案件的管辖权提出的异议。其目的在于改变案件的管辖法院，确保案件由对自己有利的法院审理。管辖权异议是当事人对法院管辖权的一种挑战，旨在维护自己的诉讼权益。

2. 提出时间：

   • 支付令异议申请书：债务人应当自收到支付令之日起十五日内提出异议。逾期不提出的，支付令即发生法律效力，债务人必须履行债务。
   • 管辖权异议申请书：当事人通常应在提交答辩状期间提出管辖权异议。答辩状是被告针对原告的起诉状提出的书面答辩文件，提交答辩状期间一般是被告收到起诉状副本后的十五日内。

3. 提出主体：

   • 支付令异议申请书：只能由债务人提出。债权人或其他利害关系人无权提出支付令异议。
   • 管辖权异议申请书：可以由任何一方当事人提出，包括原告和被告。但通常由被告提出，因为原告在选择起诉法院时已经考虑了管辖问题。

4. 提出理由：

   • 支付令异议申请书：债务人提出异议的理由通常包括支付令所依据的债权债务关系不存在、债权数额不准确、支付令送达程序违法等。债务人需要提供证据证明其异议的合理性。
   • 管辖权异议申请书：当事人提出异议的理由主要是法院对案件没有管辖权或管辖权不当。这可能涉及地域管辖、级别管辖、专属管辖等方面的争议。当事人需要依据相关法律规定，证明案件应由其他法院管辖。

5. 法律后果：

   • 支付令异议申请书：如果债务人提出的异议成立，法院将裁定终结支付令程序，债权人需要另行起诉。如果异议不成立，支付令将发生法律效力，债务人必须履行债务。
   • 管辖权异议申请书：如果当事人提出的异议成立，法院将裁定将案件移送至有管辖权的法院审理。如果异议不成立，法院将驳回异议申请，并继续审理案件。

总结与建议：

支付令异议申请书和管辖权异议申请书在法律性质、提出时间、提出主体、提出理由及法律后果等方面均存在显著差异。在实际操作中，当事人应根据具体情况选择合适的异议类型，并准备充分的证据和理由来支持自己的异议申请。如果您在支付令或管辖权方面遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。