医院因知识竞赛不合格对员工罚款是否合法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若医院为事业单位且罚款依据合法
   根据《事业单位人事管理条例》第三十二条，事业单位工作人员对涉及本人考核结果有异议的，可申请复核或提出申诉。若医院作为事业单位，其内部考核制度（包括知识竞赛）已通过民主程序制定并公示，且罚款金额未超过法定比例（如工资总额的20%以内），同时罚款用途符合公益目的（如用于员工培训基金），则可能被认定为合法。但需注意，事业单位直接罚款的合法性存在争议，实践中更倾向于通过绩效扣分、奖金调整等间接方式处理。

2. 若医院为企业性质或罚款依据违法

   • 企业罚款权限制：根据《劳动合同法》第九十条及《企业职工奖惩条例》（已废止），企业无权直接对员工进行经济处罚。若医院为企业性质，其以知识竞赛不合格为由罚款，属于违法克扣工资行为。
     
   • 程序违法性：即使医院为事业单位，若罚款未履行民主程序（如未经职工代表大会讨论）、未提前告知员工考核标准，或罚款金额超出合理范围（如超过当月工资的20%），亦构成违法。
     
   • 救济途径：员工可依据《劳动争议调解仲裁法》第五条，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求医院返还罚款并赔偿损失。

3. 特殊情形：竞赛与岗位职责直接相关
   若知识竞赛内容属于员工岗位职责范围（如医护人员必须掌握的急救知识），且医院已通过培训、考核等方式确保员工具备相应能力，此时员工因自身原因不合格，医院可依据规章制度采取合理措施（如调岗、培训），但直接罚款仍需符合前述合法性要件。

建议：若您面临此类情况，可先核查医院性质（事业单位或企业）、罚款依据的民主程序及公示情况、罚款金额比例等关键要素。如有疑问，可直接向我咨询具体法律适用及维权策略。