公司擅自将员工的毕业证复印件换成假的，这一行为是违法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、从劳动合同法的角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系时，应当遵循诚实信用原则，如实告知劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，并不得要求劳动者提供与劳动合同无关的证件或资料。毕业证是劳动者学历的证明，是劳动者求职、就业的重要依据。公司擅自将员工的毕业证复印件换成假的，不仅违反了诚实信用原则，还可能对劳动者的就业权益造成损害。如果因此导致劳动者在职业发展上受到不利影响，劳动者有权要求公司承担相应的法律责任。

二、从伪造证件的法律后果角度

伪造证件是一种违法行为，无论伪造的是原件还是复印件。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，伪造、变造或者使用伪造、变造的公文、证件、证明文件的，将受到行政处罚，包括罚款、拘留等。如果公司的行为构成犯罪，如伪造国家机关证件罪，还将面临刑事处罚。因此，公司擅自将员工的毕业证复印件换成假的，不仅可能面临行政处罚，还可能构成犯罪，受到刑事追究。

三、从劳动者权益保护的角度

劳动者在就业过程中享有平等的就业权、选择职业的权利、取得劳动报酬的权利等。公司擅自将员工的毕业证复印件换成假的，可能损害劳动者的这些权益。例如，如果劳动者因此被解雇或无法获得应有的晋升机会，劳动者有权要求公司恢复其名誉、赔偿损失等。同时，劳动者还可以向劳动监察部门投诉，要求对公司进行查处。

四、建议与措施

1. 劳动者应保留证据：如果发现公司擅自将自己的毕业证复印件换成假的，劳动者应立即保留相关证据，如原件、复印件、公司行为的相关记录等。
2. 与公司沟通：在保留证据的基础上，劳动者可以与公司进行沟通，要求公司立即停止违法行为，并恢复自己的毕业证复印件的真实性。
3. 寻求法律帮助：如果公司拒绝改正或拒绝承担责任，劳动者可以寻求法律帮助，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等，维护自己的合法权益。

综上所述，公司擅自将员工的毕业证复印件换成假的，是违法的行为。劳动者在遇到此类情况时，应保留证据、与公司沟通，并寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。