关于肇事车主垫付的医药费保险公司是否会退还的问题，这主要取决于最终的责任划分和赔偿情况。下面我将为您详细解释：
首先，我们需要明确责任划分与医药费退还的关系：
责任方全责或主责：
- 如果事故责任认定书中明确责任方承担全部或主要责任，那么责任方垫付的医药费通常不需要退还。这部分费用将作为赔偿的一部分，由责任方承担。在这种情况下，保险公司会根据保险合同的约定，在理赔范围内对责任方进行赔偿，但赔偿的对象通常是伤者或责任方（如果责任方已垫付且希望保险公司直接支付给自己，需符合保险公司的理赔流程）。
责任方次责或无责：
- 如果责任方在事故中承担次要责任或无责任，但出于人道主义或其他原因垫付了医药费，那么在后续处理中，责任方有权要求对方（如主要责任方或保险公司，在对方有保险且保险范围覆盖的情况下）返还垫付的费用。这通常需要通过协商、调解或诉讼等途径来实现。
同等责任：
- 在双方负同等责任的情况下，各自承担相应的损失。如果一方垫付了对方的医药费，理论上应视为对另一方的部分赔偿。具体是否需要退还或如何分担，需根据具体情况协商或通过法律途径解决。
接下来，我们来看医药费退还的具体情形：
保险理赔后：
- 如果责任方购买了交强险和商业三者险，且垫付的医药费在保险理赔范围内，那么这部分费用将由保险公司直接支付给伤者或责任方（如果责任方已垫付且希望保险公司直接支付给自己）。在这种情况下，责任方无需再向伤者支付该笔费用，也不存在退还问题。但如果垫付金额超过保险理赔范围，超出部分可能需要责任方自行承担或向对方追偿。
私下和解或调解：
- 双方可以通过私下和解或交警部门调解的方式解决赔偿问题。如果双方就医药费及其他赔偿达成一致意见，并签订了书面协议，那么应按照协议履行。如果协议中约定了医药费的退还事宜，则应按照约定执行。
诉讼解决：
- 如果双方无法就赔偿问题达成一致意见，可以通过诉讼方式解决。法院将根据事故责任认定书、医疗证明等相关证据进行判决。如果法院判决责任方承担全部或部分医药费，则责任方无需退还已垫付的费用；如果判决结果与原垫付情况不符，可能涉及费用的调整或退还。
综上所述，肇事车主垫付的医药费是否会退还，取决于最终的责任划分、赔偿情况以及保险理赔、私下和解、调解或诉讼等具体处理方式。因此，在处理此类问题时，建议您根据实际情况与对方、保险公司或法律专业人士进行沟通协商，以达成最合理的解决方案。