若公司起诉否认存在劳动关系，违法辞退时间的认定会相对复杂，但核心在于确定劳动关系是否存在以及辞退行为的具体时间点。以下从不同角度进行分析：
劳动关系的确认：
- 在处理此类纠纷时，首先需确认劳动者与公司之间是否存在劳动关系。这通常依据《关于确立劳动关系有关事项的通知》等相关规定，通过劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录等证据来综合判断。
- 若劳动者能提供充分证据证明与公司存在劳动关系，即便公司起诉否认，法院或仲裁机构也会根据证据情况作出认定。
违法辞退时间的认定：
- 若劳动关系被确认存在：违法辞退的时间通常为公司实际作出辞退决定或行为的时间。这可能表现为口头通知、书面通知、停发工资、停止社保缴纳等具体行为。劳动者需收集相关证据，如辞退通知、工资停发记录、社保缴纳中断记录等，以证明辞退行为的发生时间。
- 若劳动关系未被确认存在：则不存在违法辞退的问题，因为辞退行为的前提是双方存在劳动关系。在此情况下，劳动者可能需要先通过劳动仲裁或诉讼确认劳动关系，再就辞退行为提起仲裁或诉讼。不过，若劳动者能证明公司存在事实劳动关系（如实际提供劳动、接受公司管理等），且公司无正当理由解除该关系，仍可能构成违法解除，此时辞退时间的认定将依赖于事实劳动关系解除的具体时间点。
特殊情况下的时间认定：
- 在某些情况下，辞退行为可能并非一次性完成，而是表现为一系列行为，如逐步减少工作量、降低薪资、调整岗位等，最终导致劳动者无法继续工作而离职。在此情况下，违法辞退的时间可能难以直接确定，需要综合考虑整个过程中的关键行为及其时间点，以及这些行为对劳动者权益的影响程度。
- 另外，若公司通过非法手段（如伪造证据、威胁等）迫使劳动者离职，则辞退时间可能以劳动者实际被迫离职的时间为准。
法律建议：
- 劳动者在面对公司否认劳动关系并涉嫌违法辞退的情况时，应尽快收集相关证据，包括但不限于劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录、辞退通知等，以证明劳动关系的存在及辞退行为的发生。
- 若劳动关系确认存在争议，劳动者可先向劳动仲裁机构申请仲裁确认劳动关系，再就辞退行为提起仲裁或诉讼。
- 在整个过程中，劳动者应保持冷静，避免与公司发生直接冲突，以免影响证据的收集和案件的审理。
可能后果：
- 若公司被认定违法辞退劳动者，需承担相应的法律责任，包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。具体责任承担方式将依据《劳动合同法》等相关法律法规及案件具体情况而定。
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