不交灌溉水费中的末级渠系费用，是否违法需分情况讨论，具体如下：
若该费用属于合法征收范畴：
- 法律背景：根据《中华人民共和国水法》及相关地方性法规，灌溉水费通常包括水资源费、水利工程供水费等，用于水资源的保护、管理和水利工程的维护。末级渠系作为水利工程的一部分，其维护费用可能包含在灌溉水费中。若地方性法规或规章明确规定了末级渠系费用的征收标准和方式，且该规定合法有效，则农民或用水户有义务缴纳。
- 法律后果：若拒绝缴纳合法征收的末级渠系费用，可能面临水行政主管部门的行政处罚，如罚款、责令限期缴纳等。在极端情况下，若长期拒缴且数额较大，还可能涉及民事诉讼，被要求承担违约责任或赔偿损失。
若该费用征收存在违法情形：
- 法律背景：如果末级渠系费用的征收未经合法程序制定，或者征收标准、方式违反法律法规的规定，如未经批准擅自提高收费标准、扩大收费范围等，则该征收行为可能违法。
- 法律建议：在此情况下，农民或用水户有权拒绝缴纳违法征收的费用，并可以向当地水行政主管部门或价格主管部门举报，要求查处违法行为。同时，也可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
进一步思考与建议：
- 核实费用合法性：在决定是否缴纳末级渠系费用前，建议先核实该费用的征收是否合法，包括征收主体、征收标准、征收程序等是否符合法律法规的规定。
- 保留相关证据：如认为费用征收存在违法情形，应保留好相关证据，如收费通知、缴费凭证、地方性法规或规章等，以便在需要时提供证明。
- 寻求法律帮助：若对费用征收有疑问或争议，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和维权途径。
总结来说，不交灌溉水费中的末级渠系费用是否违法，取决于该费用的征收是否合法。若合法，则应缴纳；若违法，则有权拒绝缴纳并寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。