农村信用社起诉后，借款人已偿还本金但未偿还利息的，信用社是否撤诉需分情况讨论，具体如下：

1. 信用社有权决定是否撤诉
   根据《民事诉讼法》规定，原告（农村信用社）在案件宣判前可主动申请撤诉。若借款人已偿还本金但未偿还利息，信用社可能基于以下因素决定是否撤诉：

   • 利息金额占比：若利息金额较小，信用社可能认为诉讼成本高于实际收益，选择撤诉并协商还款；
     
   • 借款人还款态度：若借款人主动沟通并承诺分期偿还利息，信用社可能撤诉以降低纠纷处理成本；
     
   • 信用社内部政策：部分信用社可能对“部分还款”有统一处理标准，例如要求利息全额偿还后才撤诉。
     

2. 若信用社拒绝撤诉，案件可能继续审理
   即使借款人已偿还本金，法院仍会审查利息部分是否合法、是否应支付。若信用社主张的利息符合合同约定及法律规定（如未超过LPR四倍），法院可能判决借款人支付剩余利息；若利息约定违法（如“砍头息”、复利过高），法院可能调整利息金额。

3. 借款人可主动协商或提出反诉

   • 协商还款：借款人可与信用社沟通，提出分期偿还利息或减免部分利息的请求，争取信用社撤诉；
     
   • 反诉或抗辩：若借款人认为信用社存在违规收费（如强制搭售保险、收取不合理费用），可在诉讼中提出抗辩或反诉，要求调整还款金额。
     

建议：若您面临此类情况，可先与信用社沟通还款方案，同时保留还款凭证（如转账记录、收据）。若信用社拒绝撤诉，建议积极应诉，并委托律师审查借款合同、利息计算方式等，维护自身合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。