若想合法清除村里占用口粮地的树木，需分情况处理，核心结论如下：
- 若树木为村民个人私自种植
根据《土地管理法》第十四条，农民集体所有的土地由本集体经济组织的成员承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。口粮地属于基本农田或承包地，其用途受法律严格限制。若树木是村民未经审批私自种植，占用口粮地改变了土地农业用途，属于违法行为。此时，清除流程为：
- 协商解决：先与种植树木的村民沟通，要求其自行清除并恢复土地原状（如复耕），说明其行为违反《土地管理法》第七十五条（占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任）。
- 村委会介入：若协商无果，可向村委会反映情况，由村委会依据村规民约或《村民委员会组织法》组织调解，督促村民清除树木。
- 行政投诉：若村委会调解未果，可向当地乡镇政府或县级自然资源部门、农业农村部门投诉，要求依法查处违法行为，强制清除树木并恢复土地原状。
- 若树木为村委会或集体统一规划种植
若树木是村委会或集体基于公共利益（如防风固沙、绿化等）统一规划种植，需先核实是否符合土地利用总体规划和农业用途管制要求：
- 符合规划且未改变用途：若种植行为合法（如经审批的林网建设），且未影响口粮地的基本功能（如未严重遮挡阳光、占用过多耕地），则需通过村民会议或村民代表会议协商调整种植方案（如移栽、减少种植密度等），而非直接清除。
- 违反规划或改变用途：若种植行为未经审批，或导致口粮地无法正常耕种（如大面积种植高大树种），则属于违法行为。此时可向县级自然资源部门投诉，要求依法查处并恢复土地原状。
- 若树木涉及承包合同纠纷
若口粮地已承包给村民，且承包合同中明确约定“不得种植非农作物”或“土地用途为耕种”，但村民违反约定种植树木，则属于违约行为。清除流程为：
- 依据合同主张权利：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。可要求村民按合同约定清除树木、恢复土地，并赔偿损失（如减产损失）。
- 诉讼或仲裁：若村民拒绝履行，可向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或直接向法院提起民事诉讼，要求解除合同、清除树木并赔偿损失。
注意事项：
- 清除树木前需确保程序合法，避免因私自砍伐构成破坏生产经营罪（《刑法》第二百七十六条）或滥伐林木罪（《刑法》第三百四十五条）。
- 若树木属于古树名木或受保护的野生植物，需提前向林业部门申请审批，否则可能面临行政处罚或刑事责任。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供更详细的法律建议。