核心结论：承包地种树后被村里占用，您有权通过协商、行政投诉或法律诉讼等途径维护自身权益，具体需结合占用性质、补偿情况及承包合同条款综合判断。以下是详细分析：

一、先明确占用性质，判断是否合法

1. 若占用行为合法（如公共利益需要）
   根据《土地管理法》第四十五条，因公共利益（如修路、建学校等）需占用承包地的，需依法办理农用地转用审批手续，并给予补偿。

   • 您可主张的权利：要求村里按法定标准支付土地补偿费、安置补助费及地上附着物（如树木）补偿费。若树木已成材，补偿标准通常按市场价或评估价计算。
     
   • 操作建议：要求村里出示占用审批文件，核对补偿方案是否符合当地政府公布的补偿标准。若补偿过低，可申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 若占用行为违法（如未经审批或补偿不到位）
   若村里未依法办理审批手续，或未与您协商即强行占用，属于违法行为。

   • 您可主张的权利：要求停止侵害、恢复原状，并赔偿因占用导致的损失（如树木价值、预期收益等）。
     
   • 操作建议：
     
     • 收集证据：承包合同、种树投入凭证（如购买树苗发票、施肥记录）、占用现场照片/视频等；
       
     • 向乡镇政府或自然资源部门投诉，要求查处违法行为；
       
     • 若投诉无果，可向法院提起民事诉讼或行政诉讼。

二、核查承包合同条款，明确权利义务

1. 若合同明确约定“不得改变土地用途”
   您在承包地上种树需符合合同约定。若村里以“违反合同”为由占用，需核实：

   • 您种树是否经村里同意？若未同意，可能构成违约，村里有权要求整改，但无权直接占用；
     
   • 若您种树符合合同约定，村里无权以“违约”为由占用，其行为可能构成侵权。

2. 若合同未明确约定土地用途
   根据《农村土地承包法》第十八条，承包方有权依法自主决定土地经营方式。您种树属于合法经营，村里无权干涉，占用行为可能构成侵权。

三、分情况处理建议

1. 优先协商解决
   与村里沟通，明确占用原因、补偿方案及恢复原状的可能性。协商时注意保留书面记录（如会议纪要、补偿协议）。

2. 申请行政调解或仲裁
   若协商不成，可向乡镇政府申请调解，或根据承包合同约定向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁。

3. 提起法律诉讼

   • 若占用行为违法且协商、调解无果，可直接向法院提起民事诉讼，要求赔偿损失；
     
   • 若对行政机关的审批行为不服，可提起行政诉讼。

温馨提示：法律程序需严格遵循时效规定（如诉讼时效为3年），建议尽快行动。若您需要进一步分析证据或起草法律文书，可随时向我咨询，我会结合具体案情为您制定方案。