针对您提出的“占用农村耕地种树怎么处理”的问题，以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的详细解答：
一、法律法规基础
首先，我们需要明确的是，根据《土地管理法》及《基本农田保护条例》等法律法规，我国严格保护耕地资源，特别是基本农田，以确保其农用性质不被改变，从而保障国家粮食安全。因此，任何单位或个人未经批准，不得擅自占用耕地从事非农业建设，包括种树等改变耕地用途的行为。
二、不同情况下的处理方式
一般耕地
- 责令改正与恢复原状：如果您未经批准在一般耕地上种树，相关部门（如县级以上人民政府自然资源主管部门）将责令您限期改正，停止改变耕地用途的行为，并要求您将耕地恢复到可耕种状态。这包括清理树木、平整土地、恢复土壤肥力等措施。
- 行政处罚：根据情节轻重，您可能面临罚款等行政处罚。罚款额度通常依据占用耕地面积、种树数量以及造成的损失等因素确定。
基本农田
- 严格禁止与严肃查处：基本农田作为耕地中的精华，受到更为严格的保护。严禁在任何情况下于基本农田上种树。一旦发现此类行为，相关部门将依法进行严肃查处。
- 限期拆除与恢复：如果您在基本农田上种树，责任人需限期拆除所种树木，并恢复基本农田的原有种植条件，确保能正常开展粮食等重要农产品生产。若拒不执行，将面临更严厉的处罚，甚至可能涉及刑事犯罪。
合法途径与特殊情况
- 在符合相关规划和政策要求的前提下，如生态保护与农业发展统筹规划的区域，经过合法审批程序，您可以在特定耕地上开展农林复合经营模式或适度种植经济林等。但这需严格按照规定办理农用地转用审批手续，并获得相关部门的批准。
三、个人承包地或开荒地的特殊情况
- 如果您在个人承包地或开荒地上种树，且未破坏耕地的种植条件，同时符合当地政策规定，则此行为合法，土地所有权人不会受到处罚。
- 然而，如果您的种树行为破坏了耕地种植条件或违反了相关政策（如在基本农田上种树），则需承担相应法律责任，包括限期改正、罚款乃至刑事责任。
四、建议与提醒
- 在占用耕地种树之前，您务必咨询当地政府和农业部门，了解相关政策和法规，确保行为合法合规。
- 如果您已因种树面临法律问题，建议及时寻求专业律师帮助，以维护自身合法权益。
综上所述，占用耕地种树的处理方式需根据具体情况和法律法规来确定。在任何情况下，都应严格遵守相关法律法规，确保耕地用途的合法性和合理性。希望以上解答能对您有所帮助。