开发商对车库有产权登记证，在符合法定条件的情况下是合法的。以下从不同情况展开说明：

1. 规划内车库且产权明晰
   若车库属于开发商经规划审批后独立建设的建筑（如地下独立车库、地面独立车库），且开发商已通过合法程序取得土地使用权、完成规划验收，并依法办理了产权登记（即“大证”分割为独立产权证），则开发商持有车库产权证完全合法。此类车库可依法转让、出租或抵押。

2. 人防车库的特殊情形
   若车库属于人防工程改造（如地下人防车位），根据《人民防空法》及地方规定，人防工程产权通常归国家所有，开发商仅享有使用权或收益权。但部分地区允许开发商通过“平战结合”模式，在补缴土地出让金后办理产权登记（如上海、广州等地的实践）。此时需结合当地政策判断合法性：若符合地方规定并完成登记，则合法；若未补缴费用或违反人防工程用途，则登记可能被撤销。

3. 占用公共空间的车库
   若车库系开发商通过侵占业主共有部位（如消防通道、绿化用地）改造而成，即使办理了产权登记，该登记也可能因违反《民法典》第274条（建筑区划内道路、绿地等属于业主共有）被认定为无效。业主可通过行政诉讼或民事诉讼主张权利。

建议：

• 购房前核查车库规划审批文件、土地性质及产权登记信息；
  
• 签订车库买卖合同时，明确约定产权归属及违约责任；
  
• 若发现开发商违规办理产权登记，可向不动产登记中心申请异议登记或提起行政诉讼。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。