结论前置：是的，《中华人民共和国民法典》中明确规定了多种情形下已签订的协议（合同）会被认定为无效。这些情形主要包括无民事行为能力人签订的合同、虚假意思表示签订的合同、违反法律或行政法规强制性规定的合同、违背公序良俗的合同、恶意串通损害他人合法权益的合同、以欺诈或胁迫手段订立且损害国家利益的合同、以合法形式掩盖非法目的的合同，以及部分格式条款和免责条款无效等。
详细分析：
无民事行为能力人签订的合同无效：
- 根据《民法典》第一百四十四条，无民事行为能力人，如不满八周岁的未成年人或不能辨认自己行为的成年人，他们缺乏独立实施民事法律行为的能力，因此他们签订的合同自始无效。
虚假意思表示签订的合同无效：
- 依据《民法典》第一百四十六条，如果合同双方以虚假的意思表示签订合同，比如为了逃避债务而虚假转让财产，这样的合同是不具有法律效力的。
违反法律、行政法规强制性规定的合同无效：
- 按照《民法典》第一百五十三条第一款，任何违反法律、行政法规强制性规定的合同都是无效的。这包括但不限于未经许可的枪支弹药买卖、毒品交易等严重违法活动。
违背公序良俗的合同无效：
- 根据《民法典》第一百五十三条第二款，合同内容如果违背社会公共秩序和善良风俗，比如代孕合同、买卖人体器官等，这样的合同也是无效的。
恶意串通损害他人合法权益的合同无效：
- 依据《民法典》第一百五十四条，如果合同双方恶意串通，损害国家、集体或第三人的利益，比如低价转让财产以逃避债务，这样的合同同样无效。
以欺诈、胁迫手段订立且损害国家利益的合同无效：
- 当一方使用欺诈或胁迫手段迫使另一方签订合同，并且这种行为损害了国家利益时，该合同无效。这保护了受欺诈或胁迫方的合法权益，也维护了国家的利益。
以合法形式掩盖非法目的的合同无效：
- 这种合同表面上看似合法，但实际上是为了实现非法的目的而订立的，因此也是无效的。比如，以合法的买卖合同形式掩盖非法的洗钱目的。
部分格式条款和免责条款无效：
- 根据《民法典》第四百九十七条和第五百零六条，格式条款中不合理地免除或减轻责任、加重对方责任、限制或排除对方主要权利的条款是无效的。同时，合同中造成对方人身损害或因故意、重大过失造成对方财产损失的免责条款也是无效的。
法律后果与建议：
- 一旦合同被认定为无效，那么该合同自始不具有法律效力，双方无需履行合同约定义务。同时，根据具体情况，双方可能还需要承担恢复原状、赔偿损失等法律责任。
- 在签订合同时，建议双方仔细审查合同条款，确保合同的合法性、真实性和公平性。如果遇到复杂的法律问题或不确定的合同条款，建议及时咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十四条：无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十六条：行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十四条：行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
- 《中华人民共和国民法典》第四百九十七条：有下列情形之一的，该格式条款无效：（一）具有本法第一编第六章第三节和本法第五百零六条规定的无效情形；（二）提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；（三）提供格式条款一方排除对方主要权利。
- 《中华人民共和国民法典》第五百零六条：合同中的下列免责条款无效：（一）造成对方人身损害的；（二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。
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