结论：在工程款保全后，若被保全人仍拨付给被执行人，申请执行人通常可以要求法院追回款项，但具体能否追回及追回的方式，需根据款项拨付的具体情况、保全措施的种类及执行程序的相关规定来确定。以下从不同角度进行分析：
一、保全措施的效力与款项拨付的合法性
保全措施的效力：
- 保全措施，如查封、冻结等，是法院为保障将来判决的执行而采取的强制措施。一旦采取保全措施，被保全的财产即受到法律保护，非经法院许可，任何单位或个人不得擅自处分。
款项拨付的合法性：
- 若在保全措施有效期内，被保全人未经法院许可，擅自将保全的工程款拨付给被执行人，该行为构成对法院保全措施的违反，属于非法处分被保全财产。
二、申请执行人要求追回款项的法律依据
《民事诉讼法》的相关规定：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况，并有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。若被保全人擅自拨付款项，申请执行人可以依据此规定，要求法院对非法拨付的款项进行追回。
执行程序中的救济措施：
- 在执行程序中，若发现被执行人或相关第三方存在妨碍执行的行为，如擅自处分被保全财产，申请执行人可以向法院提出执行异议，要求法院对非法行为进行纠正，并追回被非法处分的财产。
三、追回款项的具体操作与可能面临的挑战
具体操作：
- 申请执行人应首先向法院提供被保全人擅自拨付款项的证据，如转账记录、银行流水等。
- 法院在审查证据后，若确认被保全人存在非法处分行为，将依法采取措施追回被非法拨付的款项，如责令被保全人限期追回、对被保全人进行罚款等。
可能面临的挑战：
- 证据收集难度：申请执行人可能面临证据收集困难的问题，特别是当被保全人采取隐蔽方式拨付款项时。
- 执行效率问题：即使申请执行人提供了充分证据，法院在追回款项的过程中也可能面临执行效率不高的问题，如被保全人拒不配合、财产转移等。
- 法律程序复杂性：追回款项的过程可能涉及多个法律程序，如执行异议、复议等，增加了申请执行人的维权成本和时间成本。
四、建议与措施
加强证据收集：
- 申请执行人应密切关注被保全人的财务状况和资金流动情况，及时收集并保存相关证据，以便在发现非法处分行为时能够迅速向法院提供。
积极与法院沟通：
- 申请执行人应积极与法院沟通，了解执行进展情况，及时提出执行异议和申请，促使法院加快执行进度，提高执行效率。
考虑其他救济途径：
- 若法院在追回款项过程中遇到困难或执行效率不高，申请执行人可以考虑通过其他救济途径来维护自己的合法权益，如提起诉讼要求被保全人承担赔偿责任等。
总结来说，工程款保全后被保全人仍拨付给被执行人，申请执行人通常可以要求法院追回款项。但具体能否追回及追回的方式需根据款项拨付的具体情况、保全措施的种类及执行程序的相关规定来确定。申请执行人应加强证据收集、积极与法院沟通，并考虑其他救济途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。