结论前置：员工诉讼补交社保期间，企业注销营业执照存在法律风险与程序障碍，原则上不应擅自注销；若已启动注销程序，可能面临行政处罚或诉讼程序受阻，需根据具体情况处理。以下从法律程序、实体责任、操作建议三个角度展开分析：
一、法律程序层面：注销营业执照的法定条件与限制
根据《公司法》第180条及《市场主体登记管理条例》第30条，企业注销营业执照需满足“依法清算完毕”这一核心条件。若企业存在未了结的社保补缴诉讼，属于“未清偿债务”或“未履行法定义务”的情形，不符合注销的法定前提。具体表现为：
- 清算义务冲突：企业注销前需成立清算组，清理债权债务。社保补缴诉讼属于企业债务范畴，若未在清算程序中妥善处理（如与员工达成和解、法院判决执行完毕），市场监管部门有权拒绝注销登记（《公司登记管理条例》第43条）。
- 诉讼中止风险：若企业已进入注销程序但未完成，员工可依据《民事诉讼法》第153条，以“被告主体资格存疑”为由申请中止诉讼，要求法院裁定企业恢复主体资格或追加清算组为被告，导致注销程序实质停滞。
二、实体责任层面：注销后可能引发的法律后果
即使企业通过虚假材料完成注销，仍需承担以下责任：
- 行政责任：市场监管部门可依据《市场主体登记管理条例》第44条，对“提供虚假材料骗取注销登记”的行为处以5万元以上50万元以下罚款，情节严重的撤销注销登记、恢复主体资格，并列入严重违法失信名单。
- 民事责任：根据《公司法司法解释（二）》第20条，企业未经依法清算即注销的，员工可要求股东、董事、控股股东等责任主体在注册资金范围内承担社保补缴的连带责任；若存在恶意注销（如转移资产、隐匿证据），责任范围可扩展至全部债务。
- 刑事责任：若企业通过伪造清算报告、股东会决议等文件注销，直接负责的主管人员和其他责任人员可能构成《刑法》第162条之一的“妨害清算罪”，处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处2万元以上20万元以下罚金。
三、操作建议：企业与员工的应对策略
（一）企业端：合规处理路径
- 暂停注销程序：立即向市场监管部门申请暂停注销，待社保诉讼终结（如达成调解、判决执行完毕）后再启动清算程序。
- 主动清偿债务：与员工协商补缴方案，或根据法院判决履行义务，保留缴费凭证作为清算依据。
- 依法清算：成立清算组，通知债权人申报债权（包括社保部门），按法定顺序清偿债务后申请注销。
（二）员工端：权益保障措施
- 申请财产保全：在诉讼中向法院申请冻结企业银行账户、查封资产，防止注销后资产转移。
- 追加责任主体：若企业已注销，可依据《公司法司法解释（二）》第19-21条，将股东、实际控制人列为被告，要求其承担清偿责任。
- 举报违法行为：向市场监管部门举报企业违规注销，推动行政调查与处罚，增加企业违法成本。
总结：员工诉讼补交社保期间，企业注销营业执照存在重大法律风险，可能面临程序受阻、行政处罚及民事连带责任。建议企业优先履行社保补缴义务，依法完成清算后再注销；员工应积极通过诉讼保全、追加责任主体等方式维护权益。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。