公司制度不可以违反劳动法，任何违反劳动法的公司制度都是无效的，且公司可能因此面临法律责任。以下从多个角度详细分析：
一、公司制度与劳动法的关系
法律优先原则：
- 公司制度作为公司内部管理的重要依据，其制定和实施必须严格遵守国家法律法规，特别是《中华人民共和国劳动法》及其相关规定。
- 劳动法规定了劳动者和用人单位的基本权利和义务，公司制度不得与之相抵触或降低法定标准。例如，关于工作时间、休息休假、最低工资标准等劳动者基本权益的规定，公司制度必须确保其实施不违背法律的初衷和精神。
制定程序合法性：
- 公司在制定或修改涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动报酬、工作时间、休息休假等，必须经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 未经法定程序制定的规章制度，对劳动者不具有约束力，且可能因程序违法而被认定为无效。
二、公司制度违反劳动法的表现及法律后果
侵犯员工基本权益：
- 如公司制度中规定强制加班且不支付加班费，或克扣、拖欠工资等行为，直接违反了《劳动法》中关于工作时间和劳动报酬的规定。
- 法律后果：员工有权要求公司支付加班费或补足工资差额，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。若公司拒不改正，还可能面临行政处罚。
歧视性规定：
- 基于性别、种族、宗教信仰等因素的歧视性规定，违反了《劳动法》中的平等就业原则。
- 法律后果：受歧视的员工可依法维权，要求公司停止歧视行为并赔偿损失。同时，公司可能因违反平等就业原则而面临法律制裁。
限制员工自由或权利：
- 如公司制度中禁止员工在工作时间外从事其他活动，或限制员工的言论自由等，这些规定可能侵犯了员工的个人自由和宪法赋予的权利。
- 法律后果：此类规定因违反法律强制性规定而无效，员工可主张权利不受侵害。若公司因此给员工造成损失，还需承担赔偿责任。
程序不合规的制度制定：
- 未经过民主程序（如职工代表大会讨论）或与工会协商制定的制度，可能被认定为无效。
- 法律后果：员工可通过法律途径主张制度无效，并要求公司重新制定合法合规的制度。若公司拒不改正，还可能面临行政处罚或法律诉讼。
三、员工如何应对公司制度违反劳动法的情况
与公司沟通协商：
- 员工在发现公司制度存在违法行为时，应首先尝试与公司进行友好沟通协商，明确指出制度中的违法之处，并要求其进行改正。
- 沟通过程中，务必保留好相关记录，如邮件、聊天记录等，以备后续可能需要使用。
向劳动监察部门投诉：
- 若与公司沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门提出投诉。投诉时需准备充分的相关材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及能证明公司制度违法的文件等。
- 劳动监察部门将对公司进行调查，一旦查证属实，会责令公司改正违法行为，并可能依法给予处罚。
申请劳动仲裁与诉讼：
- 如果员工因公司违法制度遭受了实际损失（如加班工资未足额发放、被非法克扣工资等），可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。
- 在仲裁过程中，员工需详细陈述公司制度违法的事实及给自己造成的损失，并提供充分的证据支持。仲裁机构将根据双方提供的证据和相关法律规定作出裁决。
- 若员工对仲裁结果不满意，还可以在规定的期限内向人民法院提起诉讼，进一步寻求法律救济。
总结与建议：公司制度作为公司内部管理的重要依据，必须严格遵守国家法律法规，特别是劳动法的相关规定。员工在发现公司制度存在违法行为时，应积极运用法律武器来维护自己的合法权益。同时，公司也应加强自查自纠，确保各项制度符合法律法规要求，避免引发不必要的法律纠纷和处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。