核心结论：已违建与规划许可证不一致的情况，需根据具体情形采取不同措施，主要包括补办手续、接受处罚后整改、面临强制拆除或罚款等后果，以下为详细说明。

1. 若违建部分可补办手续
   若违建部分因历史原因或程序瑕疵导致与规划许可证不一致，但实际符合规划要求（如建筑位置、层数、面积等核心指标未超出规划范围），可向当地规划部门申请补办建设工程规划许可证或变更登记。需提交的材料通常包括：原规划许可证、违建部分的设计图纸、施工合同、竣工验收证明等。若规划部门审核通过，可依法完善手续，使建筑合法化。

2. 若违建部分需整改或接受处罚
   若违建部分超出规划许可范围（如擅自加层、扩建、改变用途等），需根据《城乡规划法》第六十四条接受处罚：

   • 限期改正：若违建部分可采取改正措施消除对规划的影响（如拆除超建部分、恢复原用途），规划部门会责令限期改正，并处以工程造价5%-10%的罚款。
     
   • 无法改正的强制拆除：若违建部分严重影响规划实施（如占用公共绿地、消防通道等），且无法通过整改消除影响，规划部门会责令限期拆除；逾期不拆的，由地方政府组织强制拆除，并处以工程造价10%以下的罚款。

3. 若违建部分已构成事实无法拆除
   若违建部分因历史原因或实际使用需求（如居民唯一住房）已形成事实，且拆除会损害公共利益或造成重大损失，可向规划部门申请“没收违法收入”或“补缴土地出让金”等方式处理。例如，农村自建房超占宅基地面积的，可能需按超占面积补缴土地使用费，并限期办理不动产登记。

4. 特殊情形：规划调整导致的不一致
   若违建是因规划调整（如道路改线、公共设施建设）导致原规划许可证失效，需向规划部门申请重新核发许可证。此时需提供规划调整的官方文件、原许可证、建筑现状说明等材料，经审核后依法办理新证。

行动建议：

• 立即停止违建行为，避免进一步扩大损失；
  
• 委托专业机构对建筑进行测绘，明确违建范围及与规划许可的差异；
  
• 根据违建性质（如是否影响安全、是否可整改）制定应对方案；
  
• 主动与规划部门沟通，争取通过补办手续或整改降低处罚风险。
  

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。