违反建设工程规划许可证附件的规定，应由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设，并根据具体情况采取相应的改正、罚款或拆除等措施。具体分析如下：

一. 违法行为的处理

1. 责令停止建设：依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条的规定，对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定（包括其附件）进行建设的行为，首先由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。
2. 尚可改正的情况：如果尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，那么将限期改正，并处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。这意味着，如果违反规定的行为可以通过改正来消除影响，那么将给予改正的机会，但同时也会给予一定的经济处罚。
3. 无法改正的情况：如果无法采取改正措施消除影响，那么将限期拆除。对于不能拆除的，将没收实物或者违法收入，并处以建设工程造价百分之十以下的罚款。这是对于严重违反规划许可行为的严厉处罚，旨在维护城乡规划的严肃性和权威性。

二. 实例说明

• 例如，某开发商在未经批准的情况下，擅自改变了建设工程规划许可证附件中规定的建筑高度。这种情况下，城乡规划主管部门将首先责令开发商停止建设，并根据具体情况决定是限期改正并罚款，还是限期拆除并罚款。如果开发商的行为严重影响了城乡规划的实施，且无法通过改正来消除影响，那么将面临拆除或没收实物及违法收入的处罚。

综上所述，违反建设工程规划许可证附件的规定是一种严重的违法行为，将受到法律的制裁。因此，我建议在进行建设活动时，务必严格遵守建设工程规划许可证及其附件的规定，以避免不必要的法律风险和损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。