针对您提出的“已过追诉期的案件违法所得怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、追诉期与违法所得的基本概念

首先，我们需要明确两个核心概念：追诉期和违法所得。追诉期，也称为诉讼时效，是法律规定的对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。超过这个期限，除非特定情况（如法定最高刑为无期徒刑、死刑，且经最高人民检察院核准必须追诉的），一般不再追究刑事责任。而违法所得，则是指通过非法手段获得的财物或利益，它是犯罪行为的直接后果，需要依法予以处理。

二、已过追诉期案件违法所得的处理原则

1. 依法追缴原则： 尽管案件可能因超过追诉期而不再追究刑事责任，但违法所得本身并不因此变得合法。司法机关仍有权根据法律规定，对违法所得进行追缴。这是维护法律公正性和权威性的重要体现。

2. 保护合法权益原则： 在追缴违法所得的过程中，必须确保不损害第三方的合法权益。如果违法所得已被第三人善意取得，且无法追回原物，司法机关需要考虑其他合理的补偿方式，以平衡各方利益。

3. 综合考虑原则： 处理违法所得时，应综合考虑案件的具体情况，包括违法所得的性质、数额、来源以及当事人的主观恶性等。这些因素将影响违法所得的最终处理方式。

三、已过追诉期案件违法所得的具体处理方式

1. 追缴并上缴国库： 对于能够明确认定的违法所得，司法机关应依法予以追缴，并上缴国库。这是最常见的处理方式，既体现了法律的严肃性，也维护了社会的公平正义。

2. 返还被害人或合法所有人： 如果违法所得原本属于被害人或合法所有人，且能够明确认定，司法机关应依法返还。这有助于恢复被害人的财产权益，体现法律的救济功能。例如，在盗窃案件中，如果被盗财物能够追回，且已超过追诉期，但仍应返还给被害人。

3. 无法追缴时的处理： 如果违法所得已无法追缴（如已被消耗、转移或灭失），司法机关可能需要根据具体情况作出相应处理。在某些情况下，可能会要求当事人承担一定的民事赔偿责任，以弥补被害人的损失。

4. 特殊情形下的处理： 对于某些特殊类型的案件（如经济犯罪），如果违法所得涉及复杂的资产关系或金融交易，可能需要借助专业的审计、评估机构来协助确定违法所得的数额和性质。在处理过程中，还应充分考虑社会稳定和公共利益等因素，确保处理方式的合理性和可行性。

四、法律依据

• 《中华人民共和国刑法》第六十四条明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这一条款为追缴违法所得提供了明确的法律依据，且该责任独立于刑事追诉，不受追诉时效的限制。
• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条也规定，虽然犯罪已过追诉时效期限的不追究刑事责任，但追缴违法所得作为另一种法律责任，并不受此限制。

综上所述，即使案件已经过了追诉期，对于犯罪分子的违法所得，法律仍然规定了明确的追缴程序和方式。这既体现了对被害人权益的保护，也彰显了法律的严肃性和公正性。希望以上解答能够对您有所帮助。