结论前置：无论劳动合同是否只有一份且在公司手里，劳动者和公司均有权在符合法定条件的情况下申请劳动仲裁，以维护各自的合法权益。关键在于是否能提供足够证据证明劳动关系及争议事项，并满足劳动仲裁的申请条件。以下是对这一问题的详细分析：

一、劳动仲裁的适用情况

劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，无论是劳动者还是公司，当双方之间发生劳动争议时，均可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。这些争议包括但不限于工资支付、工作时间、解除劳动关系、开除、除名、辞退、辞职、自动离职、奖金、保险、福利、培训、劳动保护以及因履行、变更、解除、终止劳动合同等发生的争议。即便没有书面劳动合同，但已形成事实劳动关系的，同样可以申请劳动仲裁。

二、劳动合同的持有与证明劳动关系

1. 劳动合同的持有规定： 根据《劳动合同法》的规定，劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份。公司留存唯一一份劳动合同的做法违反了法律规定，劳动者有权要求公司提供一份劳动合同文本。

2. 证明劳动关系的证据： 在没有劳动合同或劳动合同仅由公司持有的情况下，劳动者可以通过其他证据来证明与公司存在劳动关系。这些证据包括但不限于：

   • 工资支付凭证或记录（如工资条、银行工资流水明细）；
   • 工作证、服务证等能够证明身份的证件；
   • 考勤记录（如打卡记录、考勤表）；
   • 其他劳动者的证言。

三、劳动仲裁的申请条件

为了成功申请劳动仲裁，申请人需满足以下条件：

1. 直接利害关系：申请人必须是劳动争议的一方当事人，即劳动者或用人单位。
2. 明确的被申请人：被申请人应是与劳动争议有直接关联的另一方。
3. 具体的仲裁请求和事实、理由：仲裁请求应明确具体，如要求支付工资、经济补偿等；同时，需阐述清楚劳动关系存在的情况、争议产生的过程，并依据相关法律法规说明请求的合理性。
4. 受理范围：争议事项必须属于劳动争议仲裁委员会的受理范围。
5. 法定时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

四、实际操作中的考量

虽然理论上公司也可以在只有一份劳动合同的情况下申请劳动仲裁，但在实际操作中较为少见。因为公司只保留了一份劳动合同本身就不符合法律规定，一旦发生劳动争议，公司通常不会主动申请劳动仲裁，而是更倾向于通过协商或其他方式解决。对于劳动者而言，即使劳动合同在公司手里，只要能够提供足够证据证明劳动关系及争议事项，并满足劳动仲裁的申请条件，就有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。

五、建议与提醒

• 劳动者：应尽可能收集并保存好与劳动关系相关的证据，如工资条、工作证、考勤记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
• 公司：应遵守法律法规，确保劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份，避免因此产生不必要的法律纠纷。

总结：无论劳动合同是否只有一份，只要劳动者或公司能提供足够证据证明劳动关系及争议事项，并满足劳动仲裁的申请条件，均有权向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。在实际操作中，劳动者应尽可能收集并保存好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。