针对您提出的“事业单位员工违反计划生育怎么处理”这一问题，以下是我根据相关政策法规及实际情况，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，随着国家人口计划生育政策的重大调整，原政策中“违反规定超计划生育的”作为处分情形的规定已经不再适用。目前，对于事业单位员工违反计划生育的具体处理，需结合最新的政策法规以及员工的具体行为性质、情节轻重等因素来综合考量。

一、政策法规依据

1. 《事业单位工作人员处分规定》：该规定是开展事业单位处分工作的基本依据，其中明确了事业单位工作人员违规违纪违法行为的种类及适用的处分种类，但并未直接针对违反计划生育行为作出具体规定。不过，它提供了处理违规违纪违法行为的基本框架和原则。

2. 地方性计划生育政策：不同地区可能根据当地实际情况，制定了具体的计划生育政策或实施细则。这些政策或细则中可能会包含对违反计划生育行为的具体处理措施。

二、处理原则

1. 依法依规：处理事业单位员工违反计划生育行为，必须严格依据国家法律法规和地方性政策规定进行，确保处理的合法性和合规性。

2. 公正公平：在处理过程中，应坚持公正公平的原则，确保对所有违反计划生育行为的员工一视同仁，不偏袒、不歧视。

3. 教育与惩处相结合：在处理时，既要注重对员工的惩处，也要注重对其的教育和引导，帮助其认识错误、改正错误。

三、具体处理措施

1. 行政处分：对于违反计划生育行为的事业单位员工，如果其行为构成违规违纪违法，且情节较重，可以依据《事业单位工作人员处分规定》等相关规定，给予相应的行政处分，如警告、记过、降低岗位等级、开除等。但具体适用哪种处分种类，需根据行为的性质、情节轻重等因素来综合考量。

2. 经济处罚：除了行政处分外，还可以根据地方性政策规定，对违反计划生育行为的员工进行经济处罚，如征收社会抚养费等。但需要注意的是，随着计划生育政策的调整，部分经济处罚措施可能已不再适用或已取消。

3. 其他措施：对于情节较轻的违反计划生育行为，可以采取批评教育、责令改正等非处分性措施进行处理。同时，还可以结合员工的实际情况，提供必要的帮助和支持，如提供计划生育咨询、指导等服务。

四、注意事项

1. 及时了解最新政策：由于计划生育政策可能随着国家法律法规的调整而发生变化，因此在处理事业单位员工违反计划生育行为时，应及时了解最新的政策规定，确保处理的准确性和有效性。

2. 注重证据收集：在处理过程中，应注重收集相关证据材料，如员工的生育记录、计生部门的证明等，以确保处理的客观性和公正性。

3. 保护员工权益：在处理过程中，应充分尊重和保护员工的合法权益，避免侵犯其隐私权、名誉权等合法权益。

综上所述，对于事业单位员工违反计划生育行为的处理，需结合最新的政策法规以及员工的具体行为性质、情节轻重等因素来综合考量。在处理过程中，应坚持依法依规、公正公平、教育与惩处相结合的原则，确保处理的合法性和合规性。