在民事诉讼案件中，若发现司法鉴定程序违法，这并不意味着整个审查过程必然违法，但当事人有权采取一系列合法措施来维护自身权益。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 申请重新鉴定

   • 法律依据：根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十条，若鉴定程序严重违法，当事人有权申请重新鉴定。这是法律赋予当事人的一项重要权利，旨在确保鉴定意见的公正性和准确性。
   • 操作流程：当事人应在收到鉴定报告后的合理期限内，以书面形式向负责鉴定的司法机关提出重新鉴定申请，并详细阐述原鉴定程序违法的具体情况，附上相关证据材料。司法机关将依法对申请进行审查，并决定是否准许重新鉴定。

2. 要求退还鉴定费用

   • 法律依据：同样基于《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十条，若鉴定程序违法导致鉴定意见无效，当事人有权要求鉴定部门退还已收取的鉴定费用。这是保护当事人经济权益的重要措施。
   • 执行措施：若鉴定机构拒不退还鉴定费用，当事人可通过法律途径申请强制执行，如向法院提起诉讼或申请执行裁定等，以确保自身经济权益不受损害。

3. 向相关部门投诉

   • 投诉渠道：当事人可向鉴定机构本身或其主管部门（如司法行政机关）投诉。对于属于行业协会管理的鉴定领域，还可向对应行业协会反映问题。这些渠道为当事人提供了多种投诉途径，以便及时解决问题。
   • 投诉内容与处理：投诉时应准备详细的投诉材料，包括鉴定报告复印件、证明鉴定程序违法的证据等。相关部门将依法对投诉进行调查，并根据调查结果采取相应处理措施，如警告、通报批评等，以维护司法鉴定行业的公正性和权威性。

4. 申请鉴定人出庭作证并质证

   • 权利行使：在诉讼过程中，当事人有权申请鉴定人出庭作证。若鉴定人拒不出庭，其鉴定意见不得作为认定事实的依据，且支付鉴定费用的当事人可要求返还费用。这是法律对鉴定人出庭作证义务的明确规定，也是保障当事人质证权的重要措施。
   • 质证要点：当事人及其代理人应围绕鉴定程序的合法性进行质证，通过询问鉴定人揭示鉴定程序中的违法行为，促使法庭对鉴定意见的证明力作出正确判断。这有助于法庭全面、客观地审查鉴定意见，确保案件处理的公正性和准确性。

5. 寻求法律救济

   • 救济途径：若司法鉴定部门的违法行为给当事人造成了损失，当事人可通过诉讼方式寻求法律救济，要求违法方承担相应的法律责任。这是法律对当事人合法权益的最终保障。
   • 举证要求：在诉讼中，当事人需提供充分证据证明鉴定部门的违法行为，如鉴定程序违法的录像、录音、书面记录等，以确保自身诉求得到支持。

6. 对司法鉴定机构及人员的处罚

   • 对机构的处罚：根据相关法律法规，司法鉴定机构若违法，可能面临警告、责令改正、没收违法所得、停止从事司法鉴定业务、撤销登记等处罚。这些处罚措施旨在维护司法鉴定行业的秩序和公正性。
   • 对人员的处罚：司法鉴定人若违法，可能受到停止执业、撤销登记等行政处罚，甚至可能承担刑事责任。这体现了法律对司法鉴定人职业行为的严格规范和要求。

总结与建议：面对司法鉴定程序违法的情况，当事人应充分利用法律赋予的权利和途径，积极维护自身合法权益。同时，建议当事人在遇到此类问题时，及时咨询专业律师，以便更全面地了解自身权益和可能的法律后果，并制定合适的维权策略。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。