针对您提出的“挪用资金罪三个月后归还怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确挪用资金罪的基本构成要件。根据相关法律，挪用资金罪是指公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位资金挪作个人使用或借贷给他人，且满足以下条件之一：数额较大且超过三个月未还；虽未超三个月但进行营利活动；或进行非法活动。

关于您提到的“三个月后归还”的情况，我们需要从以下几个方面进行分析：

1. “三个月”的计算方法：

   • 起算点：资金实际被挪出单位账户或脱离单位控制的日期，即资金占有、控制权发生实际转移之时。若通过银行转账，以资金到达挪用人指定账户的日期为准；若以现金形式，则以挪用人实际取得现金的日期为准。
   • 计算方式：按照自然日（日历日）计算，节假日和休息日均包含在内，不因这些因素而中断。
   • 截止点：资金被全额归还到单位账户或重新恢复单位控制的日期。只有当所有被挪用的资金都已归还，计算才停止。若部分归还，剩余未归还资金的计算时间将持续进行。

2. 三个月后归还的法律后果：

   • 如果挪用资金数额较大，且超过三个月未还，即使后来归还了，也已构成挪用资金罪。此时，行为人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
   • 归还行为虽然不能消除已构成的犯罪事实，但可以作为量刑时的考虑因素之一，可能对减轻处罚有一定帮助。

3. 建议与风险防范：

   • 对于已经发生挪用资金行为的情况，建议立即咨询专业律师，了解具体法律后果，并积极配合调查，争取从轻或减轻处罚。
   • 为避免触犯挪用资金罪，相关工作人员应严格遵守财经纪律和法律法规，不利用职务之便挪用单位资金。
   • 单位也应加强内部管理，建立健全的财务制度和监督机制，防止类似事件的发生。

综上所述，挪用资金罪中的“三个月未还”是按照自然时间来计算的，且即使三个月后归还，也可能已构成犯罪。因此，相关工作人员应提高法律意识，严格遵守法律法规，确保自身行为的合法性。如不慎涉及此类问题，应及时咨询专业律师以妥善处理。