结论：工资条上有周六工资，并不影响您就大小周工作制问题申请劳动仲裁，但具体能否获得支持需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、工资条上有周六工资与大小周工作制的关系

1. 工资条反映的是实际支付情况：工资条上记录了您实际获得的工资，包括周六的工资，这只能说明公司已经按照某种方式支付了您周六的劳动报酬。但这并不直接等同于公司实行的是合法的大小周工作制。

2. 大小周工作制的定义：大小周工作制通常指的是一周工作五天（小周），下一周工作六天（大周），如此循环。这种工作制是否合法，取决于是否符合国家关于工作时间和休息休假的规定。

二、能否就大小周工作制申请劳动仲裁

1. 可以申请劳动仲裁的情形：如果您认为公司实行的大小周工作制违反了国家关于工作时间和休息休假的规定，或者公司未按照法律规定支付加班费，您都有权向劳动仲裁机构申请仲裁。

2. 工资条作为证据的作用：工资条可以作为您主张公司支付加班费或存在违法工作制的证据之一。但仅凭工资条上的周六工资，并不能直接证明公司实行的是违法的大小周工作制。您还需要提供其他证据，如公司的工作安排、考勤记录等，来证明公司确实存在违法工作制或未支付加班费的情况。

三、可能面临的法律后果及建议

1. 若公司违法：如果劳动仲裁机构认定公司实行的大小周工作制违法，或者公司未按照法律规定支付加班费，那么公司可能需要承担相应的法律责任，包括支付加班费、赔偿金等。

2. 若公司合法：如果劳动仲裁机构认定公司实行的大小周工作制合法，且已经按照法律规定支付了加班费，那么您的仲裁请求可能不会得到支持。但即便如此，您仍然有权就其他劳动争议问题（如工资拖欠、未签订劳动合同等）申请仲裁。

3. 建议：

   • 收集证据：在申请仲裁前，尽量收集与公司工作制、加班情况相关的证据，如工作安排、考勤记录、工资条等。
   • 咨询专业律师：在申请仲裁前，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。
   • 注意仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，您需要在发现公司存在违法行为后的一年内申请仲裁。

综上所述，工资条上有周六工资并不影响您就大小周工作制问题申请劳动仲裁。但具体能否获得支持，还需结合实际情况和提供的证据来判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。