针对您提出的“机动车发生事故后路检不合格怎么处罚”这一问题，这实际上涉及两个层面的内容：一是事故本身的责任认定与处理，二是车辆路检不合格的处罚。我将分别为您详细解答。
一、事故本身的责任认定与处理
在机动车发生事故后，首先需要根据事故的具体情况，由交警部门进行责任认定。这一认定将基于事故现场的证据、当事人的陈述以及可能的监控录像等，来确定各方在事故中的责任比例。责任认定后，各方需根据责任比例承担相应的损失赔偿责任，这通常包括车辆维修费用、人员伤亡的医疗费用等。
二、车辆路检不合格的处罚
车辆路检不合格，主要指的是车辆在定期检验或随机抽查中，未能通过相关安全性能或环保标准的检测。对于这种情况，处罚措施通常包括以下几点：
罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，车辆未按规定进行安全技术检验或检验不合格的，交警部门有权对车主或驾驶人处以罚款。罚款金额根据具体违法情节和地区差异而有所不同。
扣留车辆：在严重情况下，如车辆存在严重安全隐患或环保不达标，交警部门有权扣留车辆，直至车辆通过检验或达到相关标准。
驾驶证扣分：对于驾驶未检验或检验不合格车辆的驾驶人，交警部门还可能根据违法情节对其驾驶证进行扣分处理。
强制报废或整改：对于存在严重安全隐患且无法通过整改达到安全标准的车辆，交警部门有权强制报废。对于可以通过整改达到标准的车辆，则要求车主进行整改并重新检验。
三、事故与路检不合格的关联处理
如果机动车在发生事故后被查出路检不合格，且这种不合格与事故有直接关联（如车辆制动系统失效导致事故），那么车主或驾驶人除了需要承担事故本身的赔偿责任外，还可能面临上述路检不合格的处罚。如果路检不合格与事故无直接关联，那么车主或驾驶人主要需承担路检不合格的处罚，而事故责任则根据事故具体情况进行认定。
四、建议与注意事项
定期检验车辆：为避免因车辆未检验或检验不合格而面临处罚，车主应定期按照规定对车辆进行安全技术检验。
及时整改：如果车辆在检验中被查出不合格项目，车主应及时进行整改并重新检验，以确保车辆符合安全标准。
保留证据：在事故处理和路检过程中，车主应保留好所有相关证据材料，以备不时之需。
咨询专业意见：对于复杂或争议较大的情况，车主可以咨询专业律师或保险顾问的意见，以更好地维护自己的合法权益。
综上所述，机动车发生事故后路检不合格的处罚涉及多个方面，车主应了解并遵守相关规定，定期检验车辆并及时整改不合格项目，以避免不必要的法律风险和经济损失。