单位不能仅自行组织对员工进行评价且以评价不合格为由直接减薪。以下从不同角度进行分析：
1. 劳动合同与薪酬约定的稳定性
根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应严格履行。其中，薪酬条款是劳动合同的重要组成部分，除非双方协商一致或存在法定情形（如严重违反规章制度、不能胜任工作经培训或调岗后仍不能胜任等），否则单位不得单方面变更薪酬标准。因此，单位仅凭自行组织的评价结果就单方面降低员工薪酬，缺乏法律依据，可能构成违法。
2. 评价体系的合法性与合理性
即使单位建立了评价体系，该体系也必须合法、合理且透明。合法性要求评价体系不违反法律法规的强制性规定；合理性则要求评价体系科学、公正，能够真实反映员工的工作表现。如果评价体系存在瑕疵（如评价标准不明确、评价过程不公开、评价结果不公正等），那么以此为依据的减薪决定很可能被认定为无效。单位应确保评价体系的合法性与合理性，并在实施前与员工进行充分沟通，确保员工对评价体系有清晰的认识。
3. 减薪的法定程序与条件
根据《劳动合同法》的规定，单位如需调整员工薪酬，通常需满足以下条件之一：一是与员工协商一致；二是员工存在严重违反规章制度、不能胜任工作等法定情形，且单位已履行了相应的程序（如培训、调岗等）。在仅凭评价结果减薪的情况下，单位很难证明其减薪决定符合上述法定条件。因此，单位在减薪前应谨慎评估，确保减薪决定符合法律法规的规定。
4. 可能的法律后果
如果单位未经员工同意，仅凭自行组织的评价结果就单方面降低员工薪酬，员工有权向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，要求单位恢复原薪酬标准并支付差额部分。如仲裁裁决支持员工的请求，单位还需承担仲裁费用及可能的赔偿金等法律责任。单位应认识到违法减薪的法律后果，避免因此引发不必要的劳动争议。
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