结论前置：在大多数情况下，两公司合作时对方先盖章再扫描给你们盖章，这样的合同是具有法律效力的，但前提是双方真实意愿表达、内容合法合规，且印章真实有效。不过，为确保合同的最高法律效力及避免潜在风险，使用原件或更安全的电子签约方式更为推荐。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同法律效力分析
一般情况下的有效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同可以采用书面形式、口头形式或其他形式订立。书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真以及能够有形地表现所载内容并随时调取查用的数据电文，如扫描件。因此，只要合同是双方真实意思的表示，内容不违反法律法规的强制性规定，并且使用的是对方真实、有效的印章，那么通过扫描传递并确认的合同通常具有法律效力。
可能影响有效性的因素：
- 印章真实性：必须核实对方印章的真实性。如果印章是伪造的，那么签订的合同可能自始无效，甚至可能涉及合同诈骗等法律问题。
- 授权问题：盖章主体需具备签订合同的授权。如果盖章人未经授权或超越权限签订合同，可能导致合同效力待定，需根据公司是否追认来确定最终效力。
二、证据效力与风险防范
作为证据的局限性：
- 虽然扫描件可作为证据，但其证明力相较于原件较弱。在诉讼中，如果对方对扫描件的真实性提出异议，且无法提供原件核对，那么扫描件可能不被采信，从而影响合同的法律效力。
增强证据效力的方法：
- 双方书面确认：可以通过补充协议或书面确认函的方式，明确扫描件与原件一致，以增强其证据效力。
- 公证：对扫描件进行公证，可以提高其在诉讼中的证明力。
- 保留相关证据：保存所有与合同签订过程相关的证据，如沟通记录、邮件往来等，以证明合同签订的真实意图和过程。
三、实际操作建议
优先使用原件：
- 为确保合同的最高法律效力和安全性，建议尽可能使用合同原件进行签署。如果条件允许，双方可以当面签署合同，以确保合同的原件性、真实性和法律效力。
采用可靠的电子签约方式：
- 如果无法当面签署合同，可以考虑使用可靠的电子签约平台进行签署。这些平台通常提供电子签名、时间戳等安全措施，可以确保电子合同的真实性、完整性和不可否认性。
及时催促原件交付：
- 如果确实需要先通过扫描件进行确认，那么在确认无误后，应尽快要求对方寄送合同原件。持有原件在发生纠纷时能提供更强的法律保障。
四、特殊情况下的处理
如果合同内容存在模糊或不明确之处：
- 在签署前应与对方进行充分沟通，明确合同条款的具体含义和解释。必要时，可以签订补充协议或书面确认函来进一步明确双方的权利和义务。
如果涉及跨国合作或特殊行业：
- 需要了解并遵守当地的相关法律法规和行业规定。某些国家或地区可能对合同的签订形式有特别要求，包括对电子签名和扫描件的使用。因此，在进行跨国合作或涉及特殊行业时，应咨询专业律师或法律顾问的意见。
综上所述，虽然对方先盖章再扫描给你们盖章的合同在多数情况下具有法律效力，但仍需注意其潜在的局限性和风险。通过采取适当的防范措施和应对策略，可以更有效地保护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。