若案件已因超过诉讼时效被驳回，可考虑以下处理方式：

1. 债务人自愿履行

   • 法律后果：即便债务已过诉讼时效，若债务人自愿履行债务，法律不会进行干预。例如，甲欠乙10万元，诉讼时效已过期，但甲主动还款，乙接受后，甲不得再以诉讼时效为由要求返还。
   • 建议：作为债权人，可尝试与债务人协商，促使其自愿履行债务。这可能是最直接且有效的解决方式。

2. 债务人未提出抗辩或放弃时效利益

   • 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》第一百九十三条，法院不得主动适用诉讼时效的规定，需债务人提出抗辩。若债务人未提出抗辩，或通过书面协议等方式明确放弃时效利益，诉讼时效将重新起算，法院仍会审理案件并作出判决。
   • 建议：在诉讼过程中，密切关注债务人的态度和行为。若债务人未提出诉讼时效抗辩，或明确表示愿意履行债务，可继续推进诉讼程序。

3. 证明存在诉讼时效中断或中止的事由

   • 法律后果：若债权人能证明存在诉讼时效中断（如催款记录、双方重新确认债务的协议等）或中止（如不可抗力导致无法行使请求权）的事由，法院将不会因超过诉讼时效而驳回诉讼请求。
   • 建议：收集并整理相关证据，如催款通知的邮寄凭证、双方沟通记录、不可抗力事件的证明等，以证明诉讼时效的中断或中止。在再次起诉或应诉时，向法院提交这些证据。

4. 考虑特殊情形的处理

   • 法律后果：对于某些特殊情形，如分期履行的债务，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。若符合这些特殊情形，可能仍有挽回的余地。
   • 建议：仔细审查债务合同或协议，确定是否存在特殊情形。若存在，可在诉讼中向法院提出，并请求法院根据特殊情形进行审理。

若希望申请驳回已过诉讼时效的案件（从债务人角度）：

1. 在答辩状中明确提出诉讼时效抗辩

   • 操作方式：在提交答辩状时，明确主张诉讼时效抗辩，例如：“因原告起诉已超过法定诉讼时效期间，请求法院驳回原告的全部诉讼请求。”

2. 在庭审中口头提出诉讼时效抗辩

   • 操作方式：若未在答辩状中提出诉讼时效抗辩，可在庭审辩论阶段口头主张，但需确保记录在案。

3. 提供证据证明债权请求权已超过诉讼时效期间

   • 举证责任：债务人需提供证据证明债权请求权已超过诉讼时效期间，如借款合同约定的还款日期与原告起诉时间的对比等。

注意事项：

• 在处理诉讼时效问题时，务必保持诚信原则，避免故意拖延或隐瞒事实。
• 若对诉讼时效问题存在疑问或不确定如何处理，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。