奶茶店无证经营，行政机关通常会先责令整改，若逾期不整改或整改后仍不符合要求，则会直接进行处罚。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与行政机关的处理流程
根据《中华人民共和国食品安全法》等相关法律法规，从事食品生产经营活动，必须依法取得相应的许可。对于无证经营的行为，行政机关（如市场监督管理部门）在发现后，通常会采取以下步骤进行处理：
责令整改：行政机关会首先向无证经营的奶茶店发出责令整改通知书，要求其在一定期限内办理相关证照，如食品经营许可证等。这是行政机关给予经营者一个改正错误的机会，体现了行政处罚与教育相结合的原则。
逾期不整改或整改后仍不符合要求的处罚：如果奶茶店在规定的期限内未办理相关证照，或者整改后仍不符合食品安全标准等要求，行政机关将依法对其进行处罚。处罚措施可能包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿，甚至吊销营业执照等。
实际案例与行政机关的自由裁量权
在实际操作中，行政机关会根据具体情况行使自由裁量权。例如，对于初次违法且情节轻微、未造成严重后果的奶茶店，行政机关可能会更加倾向于责令整改而非直接处罚。然而，对于多次违法或情节严重、造成不良影响的奶茶店，行政机关则可能会直接进行处罚，以维护市场秩序和消费者权益。
法律建议与风险防范
及时办理证照：奶茶店在开业前应确保已依法取得所有必要的证照，如食品经营许可证、营业执照等。这是合法经营的基础，也是避免行政处罚的关键。
关注法律法规更新：随着法律法规的不断完善，奶茶店应密切关注相关法律法规的更新动态，确保自己的经营活动始终符合法律要求。
积极配合行政机关检查：在面对行政机关的检查时，奶茶店应积极配合，如实提供相关资料和信息。如果存在问题或不足，应主动整改并报告行政机关。
寻求法律帮助：如果奶茶店在办理证照或应对行政机关检查过程中遇到法律问题或困难，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，奶茶店无证经营时，行政机关通常会先责令整改，若逾期不整改或整改后仍不符合要求，则会直接进行处罚。因此，奶茶店应确保合法经营，及时办理相关证照，并关注法律法规的更新动态，以降低法律风险。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。